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土地征收中农民土地权益受损是当前社会中比较普遍的现象。随着城市化和工业化的迅速推进，建设用地需求量急剧上升，越来越多的农村集体土地被政府征收征用。现行土地征收制度的弊端如土地征收行为泛化、征地补偿标准过低、农民和农民集体在土地征收中的一系列程序性权利缺失等造成了农民土地权益普遍性和深层次受损。土地征收过程中政府部门的土地违法行为和基层组织的侵权行为更加剧了对农民土地权益的损害程度。这一问题，在我国人均GDP已接近3000美元，迈入中等收入国家行列，国家经济实力跃居世界前列，科学发展观和以人为本理念开始成为社会主流观念的今天，显得格格不入。土地征收中农民土地权益问题，并不是一个单一性的权利问题，更是一个涉及面广、影响深远的社会经济问题。它既是一个带有中国特色的特殊内容的理论问题，又是一个迫在眉睫的实践问题；既是一个社会经济问题，又是一个政治问题；既有历史成因在起作用，也有现实社会经济背景变化带来的影响；既有体制性缺陷，也有制度性的深层弊端。
鉴于这一问题的复杂性，本文贯穿历史和现实、综合运用法经济学、制度伦理学、制度经济学、社会学、法学等学科知识，对其进行了多方位、多角度的分析，以界定农民土地权益、揭示问题成因，提出完善征地及相关制度，保护农民土地权益的政策思路。
本文第一章为绪论，介绍论文的意义、内容、思路和特征。
第二章是在对建国后农民土地权利进行历史回顾并作归纳分析的基础上，从程序性权利和实体性权利两个视角，分析农民土地权利的三种形态，应有权利、法定权利和实有权利。农民土地权利的三种形态实际上是农民土地权益问题在权利形态上的写照。农民集体土地的应有权利既是农民集体土地法定权利发展方向和目标，也是其参照系。对照应有权利，可看出当前农民土地法定权利与根植于社会历史和风俗传统的权利要求之间的不协调性。对照法定权利，可看出社会法治环境不良，政府部门和基层组织行为失范对农民土地法定权利实现能力的制约和对农民土地权利的侵害。这一分析将为后文中土地征收补偿体系构建和土地征收制度和相关制度的完善打下基础。本章还对土地的社会保障功能的论点进行了辨析，指出社会保障权是一项公民权利，而非土地权利，为澄清土地征收补偿中是否应包括社会保障价格问题作了铺垫。
第三章则采用实证分析方法，研究土地征收标准、土地征收程序和土地征收补偿过程中农民土地权益受损产生的原因和程度。既从制度层面分析土地征收制度缺陷对农民土地权利的损害，又采用案例分析方式，分析土地征收实践中种种失范行为对农民土地权利(权益)的侵害，并采用鱼骨图分析方法，指出农民土地权益受损的最根本的原因是土地征收程序存在缺陷，最主要的问题是补偿标准太低，二者都是制度问题，至于实践操作中的克扣、截留、挪用等问题，则是影响较次的问题，在此基础上，定位农民土地权益受损问题的核心，确定本文研究重点。
第四章是对土地征收中农民土地权益受损问题进行制度分析。源于计划经济时期的土地征收制度，由于制度演进的路径依赖性，依然带有鲜明的计划经济特征，即注重效率而忽视公平，注重公权而忽视私权，重视实体而忽视程序。土地征收中农民土地权利受损的诸多现象皆根源于此。在对土地征收制度进行历史回顾的基础上，从制度形成背景、制度内在价值、农民土地权益保护的体质缺陷三个方面进行制度分析。从土地征收制度的形成背景看，它与我国长期以来的城乡二元社会结构“重城轻乡”和计划经济体制“重工轻农”的政策倾向是分不开的。而当今社会形势下，城乡二元社会结构已日渐分崩离析，社会经济结构开始转向城乡统筹一体化模式，计划经济体制也转化为社会主义市场经济体制，制度环境已发生剧烈变化。从制度内在价值看，曾经以“效率优先”为导向的土地征收制度，在公平价值诉求越来越强烈的形势下，制度实施成本增高，资源配置效率降低，效率和公平价值双双缺失，已使这一制度失去存在意义。
保护农民土地权益要从权(权利)和益(利益)两个纬度来考量。对权利的量化，则表现为各项制度及有关土地权利；对利益的量化，就表现为土地征收补偿标准。
第五章着重构建保护农民土地权益的各项制度。一是建立国有土地和集体土地两种土地所有权一体化的土地有偿使用制度，实现同地同权。二是提出了废除已虚化的乡(镇)集体土地所有制，完善村农民集体土地所有权代表组织形式，进一步明确村民小组的集体土地所有权代表资格的建议。三是完善社会保障制度，建立城乡统一的社会保障体系。四是通过“默认+确认+裁决”这一组合机制明确界定公共利益范围，严格限制土地征收权使用。五是确定“合理补偿”的土地征收补偿原则。六是进一步完善土地征收程序，保护被征地者的知情权、参与权和申诉权。七是采用托管方式，规范征地补偿费分配和管理。
第六章在对土地征收补偿范围和标准进行国际比较，提出了完善我国土地征收补偿内容的看法，即应在土地赔偿费中增加迁移费、经营损失等干扰补偿、重新安置的困难补偿项目。在对土地增值收益分配归属进行详细分析的基础上，提出了土地增值收益分配归属应主要分配给农民，国家可凭借税收手段来调节收益分配，获得一定比例的增值收益分配。这一章还结合前文对农民土地权益的界定，提出土地征收补偿体系，即土地征收补偿分为土地征收费和土地赔偿费，其中土地征收费为土地所有权补偿；土地赔偿费包括生产损失补偿、地上附着物补偿、搬迁费补偿、污染损害补偿、残余地补偿。在土地增值收益分配主要归属农民所有的前提下，土地征收费应以市场价格为参考形成。土地赔偿费则可采用相应的评估方法形成。
论文最后提出，土地征收中农民土地权益保护问题涉及面广，本文涉及的内容只是其中的一个领域，还需要在干部评价考核体系与农民土地权益保护、司法体系独立性与农民申诉权实现等方面进一步展开研究。