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番茄广泛种植于世界各地，也是我国主要蔬菜作物之一。随着保护地栽培面积的不断扩大以及不合理的耕作方式，番茄病害越来越严重，番茄枯萎病已成为番茄生产上一个重要的限制性因素。实践证明，选育和利用抗病品种是番茄枯萎病的主要防治方法。但常规育种耗时长，而利用分子标记技术对番茄枯萎病抗病基因进行标记，可以准确、快速的提高育种效率。
本研究采用分子标记技术，在DNA水平上研究番茄抗枯萎病基因，建立番茄AFLP和SSR分子标记技术体系，筛选与番茄枯萎病抗病基因I-1紧密连锁的AFLP标记和SSR标记，并应用该技术体系初步验证对枯萎病具有抗性的番茄材料。为实现分子标记辅助选择育种及进一步克隆该抗病基因奠定基础，进而培育出含有抗病基因的番茄材料，增加番茄本身对枯萎病的抵抗力，从根本上解决问题。本研究的主要研究成果如下：
1.本试验以番茄枯萎病抗病品种05045与感病品种051451为亲本配制杂交组合，得到F1代、F2代。采用浸根法结合注射法进行抗病性鉴定，建立了抗感基因池。经鉴定，F1代均表现为抗病，F2代群体表现实际分离比为2.91:1，经χ2检测符合显性单基因的遗传规律。
2.以05045、051451以及05045×051451的F2群体中的348个单株为材料，利用AFLP和SSR两种方法，获得四个与番茄枯萎病抗病基因I-1连锁的AFLP标记和两个SSR标记，分别是E41M60-D、E41M62-C、E86M36-B、E32M44-E和SSR108、SSR276，与抗病基因I-1的连锁遗传距离分别为4.7cM、5.3cM、8.9cM、11.5cM和6.1cM、9.3cM。
3.利用获得的AFLP标记E41M60-D，以东北农业大学园艺系番茄课题组提供的80份番茄材料为试验材料，结合人工接种鉴定，进行AFLP标记检测，二者鉴定结果吻合率达92.5％。从而明确了本研究中所获AFLP标记的应用价值，这一结果为分子育种及进一步的基因克隆奠定了基础。