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目的：应用VBM、DTI-FT、rfMRI技术，分析复发缓解型多发性硬化患者萎缩最为明显的深部灰质核团（丘脑）的形态、结构、功能改变，探讨其可能机制及临床意义。方法：选用RRMS患者21例（男8例，女13例，年龄2058岁，平均39岁），性别、年龄相对应的健康对照组21例。采用西门子3.0T-MR扫描仪，行常规MR扫描及3D-T1WI、DTI及BOLD-rfMRI扫描。应用VBM，采用SPM8两样本t检验，计算全脑灰白质萎缩区域；选择萎缩最明显的深部灰质核团（丘脑）为mask；使用TrackVis软件分析丘脑萎缩区域及通过此区域纤维束的FA值、MD值及纤维束浓度改变；应用DPARSF软件分析丘脑萎缩区域功能网络，采用单样本及两样本t检验进行组内和组间分析。使用SPSS软件Pearson相关分析评价MS患者BPF和丘脑萎缩区域体积与性别、年龄、扩展残疾状态量表、经过修正的疲劳影响尺度及节奏听觉连续加法测试评分的相关性。结果：①RRMS患者平均EDSS为1.8±1.0（0.03.5）、MFIS平均评分为10.7±3.2（516），PASAT平均评分为83.6±14.7（61110）。②与健康志愿者比较，RRMS患者BPF减低[（83.0±2.1）%vs （84.9±1.4）%)，t=-3.361，P=0.002]，灰质萎缩主要分布在双侧丘脑、双侧壳核（右侧较左侧明显）、左侧豆状核、左侧颞叶、右侧枕叶（P<0.001，cluster>50），白质萎缩主要为双侧额叶、颞叶（P<0.001，cluster>50）。区域性脑萎缩以丘脑萎缩最明显，且与EDSS、MFIS评分呈负相关（r=-0.475，P=0.001；r=-0.519，P<0.001），与PASAT评分呈正相关（r=0.311，P=0.045）。③RRMS组丘脑萎缩区域平均FA值较正常对照组明显减小（0.277±0.025vs0.300±0.016，t=-3.486，P=0.001），MD值较正常对照组明显升高[（1.564±0.244）×10-3mm2/s vs （1.286±0.137）×10-3mm2/s，t=4.558，P<0.001)]；通过该区域纤维束相对浓度较正常对照组明显降低[（1.528±0.218）%vs（1.724±0.231）%，t=-2.827，P=0.007]，纤维束平均FA值（0.418±0.033vs0.424±0.024，t=-0.064，P=0.526）较正常组减小，纤维束MD值较正常对照组升高[（1.207±0.129）×10-3mm2/s vs （1.147±0.102）×10-3mm2/s，t=1.682，P=0.100]，但无明显统计学差异。④与正常对照组相比，RRMS组丘脑萎缩区域与双侧额叶、中脑、脑干及扣带回等功能连接增强，与双侧枕叶、颞叶及顶叶功能连接减弱（P<0.05，cluster>100）。结论：RRMS患者存在灰白质的萎缩，其中萎缩最为明显的区域为丘脑，且与临床评估量表均有相关性，丘脑的区域性萎缩存在相应FA值与MD值改变及相一致的静息态功能网络改变，说明形态学改变是结构及功能改变的基础，故可将脑萎缩尤其是丘脑萎缩作为临床疾病进展的预测指标。