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随着企业理论研究的细化，公司治理结构越来越受到学者们的关注，开始成为研究中的重要主题。公司治理结构是衡量企业核心竞争力的重要因素，而企业绩效是公司治理水平最直接的反映，从某种程度来上说，完善的公司治理结构是提高企业绩效的必要条件，深入挖掘治理结构与企业绩效的关系有益于企业的稳定发展。本文选定创业板高新技术企业为样本，试图从股权结构、董事会结构和管理层激励三个方面分析创业板高新技术企业公司治理结构与绩效之间的关系，力争找到一些规律，能为完善创业板高新技术企业的治理结构提供支持。本文将研究样本的范围限定在2011年底前在创业板上市且在2012年4月上旬披露2011年年报的高新技术企业，然后从第一大股东持股比例、第二到第十大股东持股比例、独立董事比例、董事会规模、股东大会会议次数、董事会会议次数、总经理是否担任董事长、总经理是否担任副董事长或其他董事、流通股比例、管理层薪酬前三位总和及管理层持股比例这11个变量中利用因子分析方法提取影响绩效的5个因子，即两职合一因子、董事会因子、股权集中与制衡因子、管理层激励因子，再将这5个因子引入多元回归模型进行了实证分析。通过实证研究发现：创业板高新技术企业治理结构与绩效之间有一定的相关关系。具体结论如下：两职合一因子与每股收益呈显著的负相关关系；董事会因子与每股收益呈显著正相关关系，高层活动因子与每股收益呈显著负相关关系，股权集中与制衡因子和管理层激励因子没有通过显著性检验。最后，本文针对研究中得到的结论从内部和外部对创业板市场及在创业板上市的高新技术企业的治理结构从内部和外部治理提出了一些对策建议。内部治理方面，应该继续强化独立董事的作用，尽量避免董事长同时担任总经理；还应当合理安排董事会和股东大会开会的次数，不宜过于频繁。外部治理上，我国应加强资本市场建设，并积极建立活跃的控制权市场和经理人市场。