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本研究测定了金针菇（Flammulina velutipes （Fr.） Singer）作图群体120个单孢菌株的交配极性,在此基础上建立了107个双核菌株的F2群体。利用三明虎头山野生单孢菌株与金21单孢菌株之间极性与颜色基因的自由组合,获得了3株子实体颜色为白色,极性为A6B6菌株,选择其中一株长势较快的77号单核菌株作为测交菌株与作图群体单孢进行交配,建立了测交分离群体。以FL19原生质体单核化菌株L11,8801原生质体单核化菌株W23,杂交种1123三个菌株为模板,筛选RAPD和SRAP引物,将可在亲本间产生的多态性条带进一步转化为SCAR标记。本研究共回收多态性片段127个,其中108个来源于RAPD,19个来源于SRAP,成功测序多态性片段81个,有25个成功转化为SCAR标记。本研究综合应用分子标记及表型标记用Mapmaker 3.0软件构建金针菇的遗传连锁图。以单孢菌株为作图群体以回交模式,对45个标记（42个SCAR标记及A,B因子,子实体颜色性状）进行连锁分析,有35个标记存在连锁关系,构成8个遗传连锁群,每个连锁群有2～11个标记,总长度为785cM,连锁群长度范围:31.1cM～269.1cM,相邻两标记间的的平均距离为29.0cM;以F2分离群体为作图群体,以F2模式对43个标记（42个SCAR标记和子实体颜色性状）进行连锁分析,有36个标记存在连锁关系,构成11个遗传连锁群,总长度为558.1cM,连锁群长度范围:23.8cM～193.5cM,相邻两标记间的的平均距离为21.5cM。找到一个与A因子紧密连锁的标记（S10750）,位于1号连锁群,与A因子遗传距离为20.9cM。通过频数分布分析,菌丝生长速度,菌柄长度,菌盖大小均呈正态分布,符合数量性状特点。利用QTL分析软件QTL Network-2.0对以上的QTL进行分析,检测到一个控制单核菌丝在栽培料培养基上生长速度的QTL（qMGRS1）,和一对上位效应位点（qMGRS5i,qMGRS8j）,qMGRS1对单核菌丝在栽培料中生长速度的变异贡献率为13.8%;检测到一个影响双核菌丝在PDA培养基上生长速度的一对上位效应位点（qMGRP2-i和qMGRP3-j）。控制其他性状的QTL未检测到。