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石珊瑚目动物是珊瑚礁生态群落的主要建群种,因此研究石珊瑚系统演化对珊瑚礁资源保护具有重要意义。本研究利用第二代测序技术(Next Generation Sequencing,NGS)得到团块角孔珊瑚线粒体基因组数据并基于此构建石珊瑚目系统进化关系。同时根据石珊瑚目与类珊瑚目基因组数据鉴定了石珊瑚目超保守元件和设计了石珊瑚目超保守元件探针,并且使用超保守元件数据进行系统演化研究。其中主要研究结果如下:1、组装团块角孔珊瑚基因组数据集(覆盖度约为10%)总长62,270,395bp,其中包含团块角孔珊瑚线粒体全基因组大小为18,770bp,GC含量为37.01%,碱基A、C、G、T占总碱基的比例为25.72%、13.59%、23.42%、37.27%。线粒体基因组成为13个编码蛋白基因,3个t RNA基因和2个核糖体RNA基因。基于石珊瑚目线粒体基因组构建系统进化树,团块角孔珊瑚与二异角孔珊瑚和柱状角孔珊瑚进化距离约为0.0101,角孔珊瑚属大约在1.17亿年前从滨珊瑚科中分支出来,团块角孔珊瑚从角孔珊瑚属祖先分歧时间大于2千万年。2、以多孔鹿角珊瑚基因组为参考基因组,基于PHYLUCE流程,结合其他石珊瑚目动物基因组鉴定与获得了石珊瑚目内存在的超保守元件Scleractinia UCE 3,561个,石珊瑚目与类珊瑚目存在超保守元件coral UCE 1,439个。石珊瑚目基因组中>98%的超保守元件主要落在基因区而非基因间区,GO富集分析结果这些保守元件主要涉及细胞骨架、蛋白代谢过程、m RNA加工、染色体修饰和胚胎早期发育过程,主要为上游调控基因。3、根据石珊瑚目动物超保守元件设计了石珊瑚目内超保守元件探针Scleractinia-v2-master-probe共42,377个,石珊瑚目与类珊瑚目共有的超保守元件探针coral-v2-master-probe共22,910个,并数据检验了两种探针的均可用于石珊瑚目内超保守元件研究。4、根据石珊瑚目超保守元件构建系统进化树与拆分网络图进而对团块角孔珊瑚系统演化研究。结果发现,基于石珊瑚超保守元件网状结构图暗示在健壮型珊瑚进化枝可能还有分支;基于石珊瑚和类珊瑚共有超保守元件构建的网状结构图中团块角孔珊瑚的位置处于星状海葵与石珊瑚复杂型进化枝中间。本研究通过对低覆盖度基因组的数据应用和珊瑚超保守元件的鉴定与探针设计,希望能为研究珊瑚系统演化研究补充研究思路,并为石珊瑚目超保守元件研究提供一定的数据支持。