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目的:长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)作为介导基因表达调控的功能性RNA分子,参与机体多种生理和病理过程。然而,有关lncRNA分子在类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)患者成纤维样滑膜细胞(fibroblast-like synoviocytes,FLSs)中的功能和作用机制尚未见报道。本文通过分析研究RA患者和外伤患者关节FLSs中差异表达的lncRNAs,初步探索lncRNAs在RA发生发展中的作用。方法:取手术切取的3例RA患者和3例外伤患者的膝关节滑膜组织,原代培养滑膜FLSs至第3代。用Arraystar Human LncRNA Microarray V3.0对FLSs中的lncRNAs和mRNAs进行检测,筛选出差异表达的lncRNAs和mRNAs(差异倍数>2,P<0.05)。对转录差异表达mRNAs的基因进行基因本体和信号通路分析。随后用实时荧光定量PCR扩大样本量验证可能与RA发病机制有关的差异表达mRNAs和lncRNAs。分析差异表达的lncRNAs与RA相关的实验室指标和疾病活动性指数之间的关系。进行受试者工作特征曲线(ROC)分析,评估差异表达的lncRNAs对RA的诊断价值。采用Cytoscape软件构建mRNA-lncRNA共表达分析网络,分析预测差异表达的lncRNAs功能和致病机制。结果:1.芯片结果显示,与对照组(CON-FLSs)相比,RA-FLSs中共发现有135条lncRNAs差异表达,其中62条上调,73条下调;103条mRNAs差异表达,其中36条表达上调,67条表达下调。2.定量PCR验证结果显示,与CON-FLSs相比,RA-FLSs中ENST00000483588表达上调,ENST00000438399、uc004afb.1和ENST00000452247表达下调,和芯片结果一致。3.ENST00000483588、ENST00000438399、uc004afb.1和ENST00000452247的ROC曲线下面积分别为0.85,0.92,0.97和0.92,提示这些差异表达的lncRNAs可能对RA有一定的诊断价值。此外,在RA患者中,ENST00000483588的表达水平与C-反应蛋白(CRP)水平和简化的疾病活性指数(SDAI)得分呈正相关。4.lncRNA-mRNA共表达分析结果显示ENST00000483588、ENST00000438399、uc004afb.1和ENST00000452247分别和9、9、8和12个mRNAs有较一致的表达模式。5.基因本体分析结果显示,上调的mRNAs参与了373个生物学过程,15个细胞组成成分,34个分子功能;下调的mRNAs参与了129个生物学过程,17个细胞组成成分,20个分子功能。信号通路分析结果显示,上调的mRNAs参与了9条信号通路,下调的mRNA参与了27条信号通路。结论:1.与对照组相比,RA-FLSs中lncRNAs表达谱发生了显著变化,其中ENST00000483588表达上调,ENST00000438399、uc004afb.1和ENST00000452247表达下调。ENST00000483588表达水平与疾病活动性指标CRP水平及SDAI得分呈正相关关系,可能对诊断和评估RA疾病活动性有潜在的价值。2.生物信息学分析结果显示,RA-FLSs中差异表达的编码基因参与了雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、低氧诱导因子(HIF-1)、细胞凋亡等信号通路,涉及了细胞生长迁移、白细胞激活分化、血管通透性改变等生物学过程;RA-FLSs差异表达的lncRNAs可能参与了RA-FLSs增殖、凋亡平衡失调及骨形成修复异常等过程。