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本试验以229头秦川牛(QQ)及其杂种牛西秦(XQ)、安秦(AQ)、德秦(DQ)牛为研究对象,采用PCR-SSCP分子标记方法对UCP3基因、IGF2基因和CAPN1基因的多态性进行了分析,并结合测序对其基因的部分外显子和内含子进行了序列分析,目的在于探索UCP3、IGF2、CAPN1基因对肉牛胴体、肉质性状的影响,为今后良种肉牛的选育提供一定的理论依据。研究结果如下:1. UCP3基因第3外显子多态性与胴体、肉质性状的关系UCP3基因第3外显子检测到AA、AB、AC和AD型四种基因型。测序结果显示,AB型个体在820位C→T突变,AC型个体在775位G→A突变,AD型个体在951位G→T突变。4个群体中AA型个体在宰前活重、胴体重、胴体长、眼肌面积、系水力、大理石花纹中显著高于AB、AC、AD型个体(P<0.05);AB型个体的背膘厚显著高于AA、AC、AD型个体(P<0.05)。秦川牛群体的胴体重和嫩度中达到差异极显著(P<0.01)。2. UCP3基因第5内含子多态性与胴体、肉质性状的关系UCP3基因第5内含子检测到KK、KM、MM型三种基因型,4个群体在2966位都发生C→A突变;AA型个体在3286位、3305位和3328位都发生G→A突变,在3374位发生C→T突变。各群体KK型个体在宰前活重、胴体重、背膘厚、系水力、大理石花纹、嫩度上显著高于KM、MM型个体(P<0.05)。3. IGF2基因多态性与胴体、肉质性状的关系IGF2基因第2外显子检测到AA、AB、BB三种基因型,测序发现AA基因型在120位C→T突变。在IGF2基因第2内含子检测到DD、DE、DF三种基因型,测序发现279位A→G突变。方差分析结果表明,两个位点均在胴体性状中与宰前活重、胴体重、胴体长、胴体胸深、眼肌面积显著相关(P<0.05),其中背膘厚达到差异极显著(P<0.01);在肉质性状中与大理石花纹、嫩度、pH24显著相关(P<0.05)。但是在胴体深、系水力指标中差异不显著(P>0.05)。A、D等位基因是群体中的优势等位基因,AA、DD基因型是优势基因型,而含有B、E等位基因的个体的胴体、肉质性状优于其它个体,尤其有着极强脂肪沉积能力。4. CAPN1基因多态性与胴体和肉质性状的关系CAPN1基因多态的产生是由第1278位C→T突变造成。CAPN1不同基因型4个群体胴体性状中的宰前活重、胴体重、胴体长、胴体胸深、胴体深上均无显著差异(P>0.05);眼肌面积上MM基因型个体显著高于MB型个体(P<0.05);肉质性状中在大理石花纹、系水力、pH24均无显著差异(P>0.05),MM基因型个体的嫩度极显著高于MB型个体(P<0.01)。