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目前我国政府环境审计的理论研究和实践工作刚刚起步,尚处于探索阶段,基本理论尚不完善,还存在理论与实践脱节的现象。在公共财政下,政府投入了大量的公共资源,使用一系列政策工具如征收环境税、制定规章标准和调整财政支出项目等,以协调经济、社会发展与环境的关系。政府及其各部门责任的履行情况,需要由审计机关作为独立的第三者加以监督、鉴证和评价。本文从公共财政的角度对政府环境审计的理论和实务方面进行了研究,力求在总结前人研究的基础上,有所创新,以使政府环境审计的理论更加系统化,环境审计实践更加理性化。本文共分四个部分：第一部分,政府环境审计研究综述,这部分对政府环境审计国内和国外的现有研究成果和实践情况进行总结和评价；第二部分,公共财政改革及其对政府审计的要求,通过对公共财政和国家财政的比较,公共财政的特征、我国公共财政改革内容的介绍,指出公共财政改革对政府审计的要求；第三部分,积极稳妥地开展公共财政下的政府环境审计,明确了公共财政下政府环境审计的几个理论问题,包括公共财政下政府环境审计的内容、重点、发展方向和资源配置,另外,对公共财政下政府环境审计的应用进行了研究,具体介绍了公共财政下政府环境审计的方式；第四部分,政府环境审计案例分析,以2003年深圳市对城市污水处理厂开展的绩效审计为例,引入全过程跟踪审计方法进行了对比分析,并结合案例,提出对我国政府环境审计的启示。本文创新点在于首次从公共财政的角度对政府环境审计进行了规范研究,明确了公共财政下政府环境审计的内容,提出了全过程跟踪效益审计是政府环境审计的最优审计方式。