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自从1985年中国第一例HIV感染病例报道以来，HIV-1在过去的十几年间在中国的流行形势越来越严峻。导致中国HIV/AIDS疫情流行的主要的四种HIV-1毒株是B亚型，CRF07_BC，CRF08_BC，和CRF01_AE毒株。在过去的十几年时间里，HIV-1已经从静脉吸毒人群和有偿献血人群这样的高危人群扩散到了普通人群，并且病毒从最初在云南和河南等少数省份流行到现在中国每一个省份和自治区。
本研究从Los Alamos HIV数据库下载到采样年代在1997年至2011年间的88条B亚型env全长序列(HXB2:6225-8795nt)，62条CRF07_ BC部分env序列(HXB2:6471-7757nt)，118条CRF08_BC C2V4序列(HXB2:7042-7477nt)，和122条CRF01_AE部分env序列(HXB2:6501-7998)。为了研究每一亚型的env基因随时间的进化趋势变化，每一套数据都按时间顺序分为1997-2003，2004-2006，和2007-2011三组。因为2003年以前CRF01 AEenv序列很稀少，所以我们只得到2004-2006和2007-2011两个组的数据。最后，B亚型数据的三组的序列数分别为10，44和34，其他三套数据每一组的序列数如下所示:CRF07_ BC:20，19和23, CRF08_ BC:61，15和42, CRF01_AE:34和88。研究了病毒env基因的多样性随时间的变化，并且将位点模型的基于密码子的似然方法分别应用于群体水平上不同时间段的HIV-1 env序列。另外，我们比较鉴别出的正选择位点与HIV分子免疫数据库中宿主免疫系统的结合位点，以探寻这些正选择位点与宿主免疫系统的关系。研究结果显示，每一亚型的病毒多样性都随时间逐渐增大，说明新突变随时间在积累。更重要的是，我们发现每一亚型鉴定出来的正选择位点数都在随时间增加，说明正选择压力随时间也变得越来越强。我们知道，突变往往会损害病毒的适应性，那么这个结果说明了也许对于HIV-1来说，现在要适应新的宿主难度更大了，而且会比以前有更长的疾病进程。另外，我们所有鉴定出的正选择位点都至少位于抗体、杀伤性T细胞和辅助性T细胞免疫表位的三种中的一种免疫表位之内，说明病毒的env基因的适应性进化是受宿主免疫系统驱动的。我们的研究结果为中国HIV-1感染的预防及治疗提供重要的信息。