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猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)是有囊膜的单链正向RNA病毒,是一种急性高度传染性肠道疾病的病原体,导致哺乳仔猪死亡率很高。PEDV在小肠上皮细胞复制导致绒毛萎缩,吸收不良和严重腹泻。PEDV侵染宿主细胞是由病毒纤突糖蛋白(S)介导的,病毒附着于靶细胞并进行膜融合而进入细胞。PEDV体外增殖需要胰蛋白酶的存在,胰蛋白酶水解蛋白活性导致S蛋白切割成S1和S2亚基,使病毒与细胞间的融合增强,并增加病毒的感染力,在感染的细胞中复制进而释放。在本项研究中,病料采集于中国黑龙江省哈尔滨市某猪场疑似感染PEDV病例。将小肠样品制作病理组织切片,观察到肠绒毛萎缩,上皮细胞空泡变性,固有层充血和炎性细胞浸润。RT-PCR鉴定确定没有混入轮状病毒和猪传染性胃肠炎病毒感染后,对小肠样品进行无菌处理并在猪小肠上皮细胞(Porcine small intestinal epithelial cell,IPEC-J2)上进行盲传培养,IPEC-J2细胞是从新生仔猪中段空肠内分离得到未分化的柱状上皮细胞,更好的模拟肠道环境,当传至第5代时出现典型细胞病变。利用间接免疫荧光和电镜观察证明成功分离到PEDV HLJ分离株。根据GenBank上已经上传的PEDV毒株序列信息,利用引物设计软件设计了9对相互重叠的引物用于PEDV全基因序列的扩增,同时按照5’RACE试剂盒说明书上的方法扩增得到病毒5’UTR序列,最后拼接病毒全基因组序列。结果显示基因组全长27 953 nt,5’和3’非编码区相对保守,ORF1b、M、N、E序列大小一致,而ORF1a、S、ORF3基因长度有所差异。PEDV HLJ分离株与I群里2014-2015年国内地方流行代表毒株广东的SC1402株、上海的JS-2/2015株以及南韩分离的attenuated DR13细胞适应株进化距离较近,核苷酸同源性分别为99.9%、99.8%和99.9%,而与II群毒株进化距离较远,与其中的PEDV-LS毒株同源性最低为96.8%。通过对S蛋白结构分析,发现S蛋白氨基酸序列疏水区域密集、抗原指数较高,有28个潜在的糖基化位点,1324-1346位氨基酸之间形成一个典型的跨膜螺旋。将氨基酸亲水性、抗原指数和S蛋白表面可及性三种方法结合比较,预测S蛋白有22个氨基酸区段是B细胞抗原表位的优势区域。本文成功分离鉴定PEDV HLJ株,并对其分子生物学特征,遗传进化关系和主要蛋白抗原性等做了进一步分析,这个研究将有助于理解国内现在PEDV流行毒株特性,对探索冠状病毒进化和发病机制以及控制和预防PED提供了理论和物质基础。