基于自组装生物芯片筛选研究p53和miRNA在肿瘤发生过程中的作用机制

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microRNAs(miRNA)是广泛存在于真核生物中,大小为19~25碱基的一类非编码RNA。miRNA可以序列特异性的调控其靶基因的表达,每一种miRNA可能有成百上千个靶基因,它们组成错综复杂的miRNA调控网络参与细胞迁移、细胞周期、增值、分化、发育、衰老、凋亡、肿瘤形成和迁移、病毒抵御等多种生物过程。要理解miRNA生物学功能,最重要的工作就是探明miRNA及其靶基因的对应关系。现在国际上寻找miRNA的靶基因的方法主要有两类:一类是编写计算机软件进行生物信息学预测;另一类则利用miRNA序列特异性下调靶基因表达的特性设计实验进行筛选。预测方法效率很高,其结果具有重要的参考意义,但是这种方法无法全面考虑生物体内错综复杂的具体情况,预测结果中假阳性和假阴性比例很高。实验方法种类繁多,各有利弊。如microarray分析、蛋白组学等基于过表达miRNA使靶基因表达下调的筛选方法可以在mRNA或蛋白水平鉴定miRNA的靶基因,但这些方法无法区分miRNA和靶基因的作用是直接作用还是间接作用; Ago HIT-CHIP等基于免疫共沉淀的方法虽然可以比较直接的显示miRNA和mRNA的相互作用,但是实验用细胞系中靶基因的本底表达量如果太低就会造成漏筛,而不同细胞中mRNA的表达差异很大,所以如果想得到比较全面的miRNA靶基因的图谱,只能在不同种细胞里面多次重复实验。  为了克服现有方法中存在的问题,本课题结合Ga14-VP64报告基因体系和SAMcell生物芯片筛选系统建立了一套行之有效的筛选体系,以目的基因的3 UTR为研究对象,筛选调控目的基因的miRNA群。我们选择了HGF、HGFR、TGF-β、TP53等一系列重要基因进行了筛选,初步探明了调控这些基因表达的miRNA。在筛选结果中,我们着重研究了miR-19b和它的直接靶基因p53。过表达miR-19b会加快细胞周期和细胞增殖、增强肿瘤细胞迁移和入侵的能力、抑制细胞的衰老及凋亡。在体内实验中miR-19b可以促进肿瘤的生长和迁移。这些结果说明miR-19b具有原癌基因的特性,而抑制miR-19b表达的思路有可能发展成为对抗癌症的新方法。
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