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改革开放至今，我国实施了内外有别的企业所得税制度，这一制度在相当长的一段时间内被实践证明对我国经济和社会的发展是非常有利的。但是随着改革开放的进一步推进以及我国加入WTO，这种内外有别的企业所得税制度所带来的诸多弊端也日益显现出来，为了克服这些弊端，内外资企业所得税是否应该合并，以及如果要合并则应该如何合并这两个重要问题很自然地成为了全社会关注的焦点。
要回答内外资企业所得税是否应该合并这个问题，必须首先认清目前内外有别的企业所得税制度究竟存在着那些弊端：如，违反了国民待遇原则，不符合国际税收惯例和WTO规则；违反了税收公平原则，对内资企业的发展极为不利；违反了税收中性原则和税收效率原则；税收优惠过于注重地域性，加大了地区经济发展的不平衡；对产业政策体现不充分，造成对外资的产业引导力不够；为外资企业避税提供可能空间，使得国家税收流失严重等等。仅仅认识到这些弊端还是不够的，因为目前两税是否应该合并争议最大的地方在于，如果“两税合并”对于外资的流入究竟会产生多大的影响。笔者认为，“两税合并”并不会使得外资流入大量减少，原因有三：第一，税收优惠在一国的投资环境中只能起到部分激励作用，并非是决定性的因素。我国目前的整个投资环境是非常良好的，所以外资企业税收优惠政策的逐步取消并不会引起外资的大量减少。第二，外资能否切实享受到政策优惠取决于国家间的税收协定。目前存在于我国的外商投资者大多数并未从税收优惠中直接受益，由此可见税收优惠政策并不是许多外商投资者关注的重心。第三，不同类型和不同规模的外国投资者对税收政策因素的敏感度差异很大。一些规模较小、出口导向型的外资企业对税收政策的敏感度大，而规模较大、市场导向型的外资企业则更多考虑的是税收之外的因素，对税收政策的敏感度低。“两税合并”正好可以优化我国的外资结构，让更多优良的外资来取代那些对我国经济社会发展贡献不大的外资，甚至是很有害的“假外资”。综合上述分析，笔者认为内外资企业所得税应该合并，并且合并时机已经成熟。
对于应该如何合并这个问题，笔者认为必须首先坚持合并的几项原则：第一，税法的原则(公平税负原则、适度征税原则、高效征管原则)；第二，税收优惠总量适度、形式多样、布局合理、导向明确的原则；第三，企业所得税与财务会计制度相适应的原则以及统一税制的平稳过渡原则。在此基础上来制定合并的具体方案。在制定具体方案时，笔者认为最重要的是考虑以下几个方面：第一，新税率的确定。确定新税率应尽可能多地考虑到各种长短期因素，不能主观臆断。第二，实行3-5年的过渡期。防止速改、大改、一揽子全盘改革可能带来的风险。第三，税收优惠应从以区域优惠为主转向以产业优惠为主。