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牡丹在长期的进化和栽培历史中,由于本身的变异、自然杂交、栽培环境不同等形成了不同的品种类型,使得牡丹的分类鉴定难度加大。本试验以彭州地区种植的部分栽培品种为材料,应用RAPD分子标记技术,对39个牡丹品种的遗传多样性进行了随机扩增多态性DNA(RAPD)研究,通过NTSYSpc(2.10版)软件对RAPD的扩增谱带进行分析,进行牡丹品种的分子鉴定,探讨牡丹品种之间的亲缘关系。其主要的试验结果如下：(1)采用改进的CATB法提取牡丹幼嫩叶片的DNA,分别对其进行紫外吸收检测、电泳检测和RAPD检测,结果表明：DNA完整性好,RAPD扩增带清晰,A260/A280的值在1.8-2.0之间,满足RAPD反应的要求。(2)通过对模板DNA、引物、TaqDNA聚合酶、dNTP和Mg2+浓度的优化试验及对PCR反应程序的筛选,确定了本研究的适宜反应体系和反应程序。反应体系：模板DNA 1μL(20ng/μL),10×PCR缓冲液2μL,随机引物0.8μL(2.5μmol/L)、dNTPs0.8μL(2.5mmol/μL)、MgCl21.6μL(25mmol/L), Taq-DNA聚合酶0.25μL(5U/μL),双蒸水13.55μL,总反应体系20μL。反应程序为：94℃预变性5min,94℃变性1min,36℃退火1min,72℃延伸1.5min,共40个循环,最后72℃延伸10 min,4℃保存。(3)利用对100个引物进行筛选所得到的8个引物对39个牡丹样品进行RAPD分析,共检测到139个位点,其中118个多态位点,多态位点百分率达到84.89%。平均每个引物获得17.38个扩增位点,其中具有多态性的位点为14.75个。各品种间多态位点百分率变化范围为79.36-88.19%,其中多态位点百分比最高的是引物S30,最低的是引物S85。(4)利用RAPD技术对39份牡丹材料进行分类研究,通过聚类分析,估算遗传距离,建立树状图,当相异系数为0.46时,39个牡丹品种明显聚为两大类,本土牡丹品种为第1大类,日本牡丹品种为第2大类。第1类包括35个品种,又可以分为2个亚类：第1亚类包括31个品种均为中原牡丹品种；第2亚类包括4个品种,均为彭州当地牡丹品种。由此结果可以看出,多数来源地相同的品种表现出较为密切的亲缘关系。