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[目的]了解云南省猪的肉孢子虫及人群中肌肉肉孢子虫感染情况。研究猪肉中肉孢子虫包囊超微结构；研究冷冻保存猪肉对其内的肉孢子虫包囊的超微结构的影响，探讨能否用冷冻保存肉样以待对肉孢子虫的进一步鉴定。 [方法]采用压片法检查猪肉样本及人体尸检的肌肉样本。猪人肉孢子虫包囊分别于采样当天、-20℃冰箱冷冻3天及30天，米氏肉孢子虫包囊分别于当天及-20℃冰箱冷冻20天从肉样中分离，进行透射电镜观察。 [结果]大理洱源县猪的肉孢子虫感染率为61.4％(78／127)，猪人肉孢子虫的感染率(61.4％)明显高于米氏肉孢子虫(1.6％)(P＜0.001)。昆明市猪的肉孢子虫感染率为43.2％(64／148)，猪人肉孢子虫的感染率(10.8％)明显低于米氏肉孢子虫(32.4％)(P＜0.001)。大理洱源县猪的肉孢子虫总感染率高于昆明市(P＜0.05)。所查17份人体尸检标本均为阴性。 猪人肉孢子虫包囊壁具发状绒毛突起，突起基部有微小的泡状凹陷，突起腔内有许多微管由突起顶部深入到基质层内，基质层厚约0.36μm；米氏肉孢子虫包囊具指状突起，突起的粗细差异很大，突起基部及突起间有球状凹陷，顶端扁平或钝，突起中央有少量微管。冷冻后，两种包囊的囊壁结构仍清楚；突起的长、宽以及基质层的厚度在冷冻前后均无明显变化(P＞0.05)，但包囊内缓殖子结构模糊，甚至溶解，此种改变随时间的延长而加剧。 [结论]大理洱源县猪的肉孢子虫感染以猪人肉孢子虫为主，而昆明市以米氏肉孢子虫为主，洱源县猪的肉孢子虫感染明显高于昆明市；同以往相比，洱源县猪的肉孢子虫感染率无明显改变而昆明市猪的肉孢子虫感染则明显下降；云南人群中肌肉肉孢子虫感染本次未查出阳性者。猪人肉孢子虫和米氏肉孢子虫各具独特的包囊壁结构，可作为虫种鉴定依据。而冷冻保存肉样，在一定时间内肉孢子虫包囊壁结构保存良好，对虫种鉴定无影响。