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扎那纹胸鮡(Glyptothorax zainaensis)和穴形纹胸鮡(Glyptothorax cavia)隶属于鲇形目(Siluriformes)、鮡科(Sisoridae)、纹胸鮡属(Glyptothorax),贡山鮡(Pareuchiloglanis gongshanensis)隶属于鲇形目(Siluriformes)、鮡科(Sisoridae)、鮡属(Pareuchiloglanis)。本文通过测定上述三种鮡科鱼类线粒体全基因组序列,并联合NCBI中下载的11属12种鮡科鱼类线粒体全基因组数据,利用Cyt b基因和COX1基因,重建鮡科鱼类系统发育关系,并利用beast软件估算鮡科鱼类分化时间,主要结果如下:1.扎那纹胸鮡线粒体基因组全长16537bp,穴形纹胸鮡全长16529bp,贡山鮡全长16588bp。三种鮡科鱼类基因组成和排列基本相似,都表现为A+T偏倚,扎那纹胸鮡A+T%为57.2%,穴形纹胸鮡为56.8%,贡山鮡为54.8%。三种鮡科鱼类线粒体全序列中都有多处基因间隔和重叠。2.三种鮡科鱼类线粒体蛋白质编码基因起始和终止密码子相似,通常以ATG和GTG为起始密码子。三种鮡科鱼类均有TAG、TAA、TA和T 4种类型终止密码子。三种鮡科鱼类线粒体基因中RSCU>1的密码子数量均超过30个,且密码子末端碱基多使用A或T,其频率高于C、G(尤其是G)。三种鮡科鱼类线粒体基因组包括的22个tRNA中除tRNA-Ser的二级结构不能预测出之外,其余的都表现为典型的三叶草结构。它们各自的tRNA基因组中都出现多处错配,多为U-G错配,发生位置多在TΨC臂和DHU臂上。3.本研究支持原鮡属、鰋属和凿齿鮡属是鰋鮡鱼类的三个原始类群这一结论,并提出凿齿鮡属是鰋鮡鱼类的最原始类群。藏鰋的系统发育位置一直饱受争议,本研究认为鰋属与凿齿鮡属构成单系群,再和原鮡属构成姐妹群。本研究支持鮡属并不是单系,而是与石爬鮡属、拟鰋属、异齿鰋属聚在一起构成单系群这一结论。并提出纹胸鮡属不是单系群,和黑鮡属聚集后才能构成单系群。4.中国鮡科鱼类起源于中新世晚期(later Miocene),约9.87Mya,鰋鮡鱼类稍晚,约在8.93Mya。在上新世晚期到更新世(约0.2~4.0Mya之间),大量的属开始分化,鰋鮡鱼类的特化类群,如鮡属、拟鰋属、异齿鰋属和石爬鮡属在这一时期爆发式形成并大面积辐射到青藏高原及周边地区。非鰋鮡鱼类的分化时间主要集中在4.64Mya之后。本研究认为:青藏高原的快速隆升约于3.6Mya开始,3.0Mya达到高峰,同时在这一时期,金沙江、怒江、澜沧江和元江也相继形成。而鰋鮡鱼类的特化类群,如鮡属、拟鰋属、异齿鰋属和石爬鮡属也在这一时期(约3.97Mya到0.3Mya)爆发式形成,进而扩散到怒江、澜沧江、雅鲁藏布江和伊洛瓦底江的下游,形成鮡科鱼类现有的分布格局。因此本研究认为鰋鮡鱼类的种属分化与青藏高原的隆升以及各水系的形成有密不可分的关系。