山羊排卵卵泡与从属卵泡中差异表达miRNAs的筛选及其功能研究

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卵泡排卵是有着诸多因子参与调控的生殖生理过程,它决定着母畜的排卵数,影响着母畜的繁殖性能。微小RNA(mircoRNA,或miRNA)是内源性非编码小分子RNA,研究发现miRNA对卵泡的生长发育、闭锁和黄体形成与消失等过程均有着重要作用,但在卵泡排卵上的研究报道还相对较少。本试验以大足黑山羊的排卵卵泡与从属卵泡为实验材料,通过Illumina测序、生物信息学分析及qPCR表达验证等方法,来筛选与卵泡发育及排卵有关的miRNAs。主要实验结果如下:1、将大足黑山羊卵泡期卵泡按直径大小分为六组(GF1GF6),对其进行sRNA高通量测序,平均得到了12,069,414拷贝的原始序列及11,876,770拷贝的干净序列。其中长度在22nt的sRNA序列平均占干净序列的45%,通过将其在参考物种山羊基因组上的定位与miRBase数据库(21.0版本)的比对,共获得418个已知miRNAs序列。同时,利用miREvo及mirdeep等miRNA预测软件预测到110个新的miRNAs序列。2、将GF1GF6的六组卵泡分为排卵卵泡组(GFd)和从属卵泡组(GFs)进行表达差异分析,结果发现9个miRNAs存在差异(P<0.01),其中4个miRNAs(chi-miR-582-5p、novel130、chi-miR-214-3p及chi-miR-500-5p)在GFd组中表达上调,而5个miRNAs(chi-miR-383、chi-miR-130b-5p、chi-miR-92a-3p、chi-miR-125b-5p及novel-9)表达下调。为筛选更多差异表达miRNAs,本试验对六组卵泡进行组内差异分析,发现novel-344、chi-miR-10a-5p、chi-mi R-10a-3p及chi-miR-196b在GF1中表达上调(P<0.01)。3、利用miRanda软件及富集通路分析发现,在上述13个显著差异表达miRNAs中,其预测靶基因富集到卵巢激素合成通路(chx04913)的有chi-miR-130b-5p、chi-miR-214-3p、novel-344及chi-miR-10a-5p。其中,在排卵卵泡组与从属卵泡组中差异表达的chi-miR-130b-5p及chi-miR-214-3p靶向于BMP15、GDF9、CYP19A1和LHR基因。同时,novel-344和chi-miR-10a-5p与在颗粒细胞与膜细胞中表达的FSHR、GDF9、IGF1R、17β-HSD和LHR基因的mRNA 3’UTR序列有结合位点。4、对同批次GFd和GFs样品进行转录组测序,结果发现上述预测靶基因BMP15、CYP1A1、17β-HSD、IGF1R和LHR在GFd中均表达上调,而GDF9和FSHR表达下调。其中,BMP15与chi-miR-130b-5p、FSHR与novel-344以及GDF9与chi-miR-214-3p和chi-miR-10a-5p的上下调表达模式相反,符合miRNAs的一般调控特征。5、选取差异表达的6个miRNAs(chi-miR-200a、chi-miR-34c-5p、chi-miR-10a-3p、chi-miR-10a-5p、novel-344和chi-miR-196b)及3个mRNA(BMP15、GDF9和BMP6)进行qPCR表达鉴定,实验结果与Illumina测序分析中得到的表达模式一致。本试验筛选出了山羊排卵卵泡与从属卵泡中差异表达的miRNAs,这些miRNAs与其预测的靶基因可能参与卵泡中的激素合成过程,从而影响卵泡发育与排卵。
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