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菠萝蛋白酶是一种巯基酶，有较高的药用价值，按来源分为茎菠萝蛋白酶和果菠萝蛋白酶。前人已经证实，茎菠萝蛋白酶和果菠萝蛋白酶的氨基酸组成和序列几乎一样，两种酶只含一种亚基，其分子量也在25kD左右，但等电点(pI)却分别为大于10，和4.8。我们之前已经证明，富含苯丙氨酸的碱性蛋白(PP)包裹在乙醇酸氧化酶(GO)的外部组成GO-PP复合蛋白(GC)。植物内存在不同GO/PP比例而具有不同pI的GC。GC抗体只识别PP而不识别GO，同时PP抗体识别菜心粗蛋白54kD亚基。PP因为在SDS—电泳中向负极泳动而容易被忽略。本文研究茎菠萝蛋白酶和果菠萝蛋白酶的等电点相差很大，是否也与PP有关，即两种酶是同一种酶，只是茎菠萝蛋白酶因为含有较多的PP而呈现高pI；而果菠萝蛋白酶因为不含有、或含较少PP而呈现低pI。如果这样的话，必须找到以下证据：首先，茎/果菠萝蛋白酶的亚基大小必须一样，确实分别为强碱性蛋白和酸性蛋白。其次，茎菠萝蛋白酶含有在SDS—电泳中向负极泳动的蛋白；第三，PP，GC抗体和茎菠萝蛋白酶的抗体有免疫交叉反应。即PP也包裹茎菠萝蛋白酶，将导致茎菠萝蛋白酶的抗体不识别茎/果菠萝蛋白酶的亚基，但茎菠萝蛋白酶亚基的抗体识别茎/果菠萝蛋白酶的亚基。第四，茎/果菠萝蛋白酶在苯丙氨酸和碱性氨基酸的比例上有区别。为此，本文对以上证据进行研究，结果如下：
1.经过硫酸铵沉淀，Sephadex G—25、DEAE—Cellulose52层析，Native-PAGE等处理，纯化了茎菠萝蛋白酶和果菠萝蛋白酶。菠萝茎中，以及菠萝果中均存在两种酶，其在SDS-PAGE中均分别为28kD和25kD单带，本文分别称之为28kD茎酶和25kD茎酶，以及28kD果酶和25kD果酶。可见，他们的大小是一样的。
2.在Native-PAGE(pH8.3)中，28kD茎酶向负极泳动，表明其pI>8.3；而25kD茎酶向正极泳动，表明其pI<8.3。等电聚焦实验表明(pH3-PH10)，新鲜制备的28kD茎酶中大部分蛋白不能聚焦，表明其pI>10.0，少部分聚焦在pI为4.9和5.3。放置后，28kD茎酶蛋白在酸性区聚焦出现3条带，pI分别为4.3，4.6，4.9，在碱性区聚焦出现2条带，pI分别为7.9和8.3，表明其pI会下降。但放置后的28kD茎酶经SDS-PAGE后出现25kD，表明pI下降与降解现象有关，25kD茎酶可能是28kD茎酶的降解产物，但该结论有待进一步证实。新鲜的25kD果酶在IEF中出现pI为4.6一条带，但放置后出现4.0，4.6(主带)，4.8，5.3，7.1和7.9等6条带，在SDS-PAGE中则出现25kD和40kD两条带，且两条带的比例大体相同。
3.在Dot blot中，28kD茎酶的抗体识别28kD茎酶，以及25kD果酶。菜心粗蛋白经SDS-PAGE后用考马斯亮蓝染色，出现54kD和14kD等许多蛋白带，其中的54kD可以被28kD茎酶的抗体，以及被GC抗体所识别。表明GC抗体和茎菠萝蛋白酶的抗体有免疫交叉反应。SDS-PAGE Western—blot表明，28kD茎酶亚基的抗体识别25kD茎酶的25kD亚基，也识别25kD果酶的25kD亚基。
4.氨基酸组成分析表明：28kD茎酶的苯丙氨酸占30％，28kD茎酶的28kD亚基占2％。25kD果酶的苯丙氨酸占27％，而25kD果酶25kD亚基的苯丙氨酸占4％。
可见，两种酶是同一种酶，只是茎菠萝蛋白酶因为含有较多的PP而呈现高pI；而果菠萝蛋白酶因为不含有、或含较少PP而呈现低pI。