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2010年底国家正式颁布了《全国主体功能区规划》，将国土空间分为了四类区域，重点生态功能区属于限制开发区域。所谓限制开发，是因为重点生态功能区生态系统脆弱或者生态功能重要，不适宜或者不应该进行大规模高强度的工业化、城镇化，因此，把增强生态产品生产能力作为首要任务，限制大规模高强度的工业化和城镇化，而不是限制发展。这个区域（以县级行政区为单位）仍然需要发展，县域的居民仍然需要从事经济活动。而主导产业是区域经济的发动机，具有高带动性、高增长率、高创新性或者吸收创新的能力。选择主导产业，通过扶持、重点投资，可以较快的带动重点生态功能区的经济、社会发展。由于重点生态功能区本身的特点，主导产业的发展必须在保障区域生态安全的前提下进行，必须是资源环境可以承载的，而且还可以解决重点生态功能区的贫困和就业问题，提高劳动者技能，促进区域文化的保护等。 依据上述目标，在总结分析已有的主导产业选择指标体系的基础上，本文构建了重点生态功能区主导产业选择的指标体系，分为目标层、准则层和指标层。目标层就是重点生态功能区主导产业选择的指标体系。准则层包括了重点生态功能区主导产业选择的7个基准:产业关联度基准、生产率上升基准、收入弹性基准、比较优势基准、生态安全保障基准、资源环境承载力基准和社会效益基准。指标层总共包括了29个指标。 该指标体系既考虑了主导产业的特性，又结合了重点生态功能区的具体情况。力求选择出的主导产业的发展能够为重点生态功能区带来良好的经济效益、社会效益和生态效益。通过政策的引导，在保障区域生态安全的前提下，发挥区域经济发展发动机的作用，有力地带动重点生态功能区的全面发展。