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目的：利用基因芯片技术探讨食管癌不同阶段（癌组织、癌旁组织、正常组织）相关基因的表达，筛选不同证候食管癌组织的差异表达基因，初步揭示食管癌不同证候之间在基因表达上的相互关系，对其可能的分子机制进行分析。方法：①建立食管癌组织标本库及食管癌临床资料数据库，筛选严格配对的21例食管癌癌组织、癌旁组织及正常黏膜组织。对21例食管癌癌组织、癌旁组织、正常黏膜组织以及不同证候的痰气交阻证（P）、瘀血内结证（B）、津亏热结证（F）和气虚阳微证（Q）的表达谱依次进行比较；②提取21例食管癌癌组织、癌旁组织及正常黏膜组织的总RNA，琼脂糖凝胶电泳质检，总RNA的纯化，逆转录成cDNA，并用单标法Cy3-dUTP标记于食管癌癌组织、癌旁组织及正常组织后制成探针，与基因表达谱芯片进行杂交，然后扫描芯片荧光信号图像，采用SAS软件对芯片图像进行分析，最后得到筛选的结果。结果：①通过SAS软件分析，癌组织与癌旁组织差异基因2505个，癌组织与正常组织差异基因2659个。P组与B组的癌组织共有差异基因18个；癌旁组织共有差异基因10个；正常组织共有差异基因6个；P组与F组的癌组织共有差异基因52个；癌旁组织共有差异基因8个；正常组织共有差异基因2个；P组与Q组的癌组织共有差异基因52个；癌旁组织共有差异基因24个；正常组织共有差异基因46个；Q组与B组的癌组织共有差异基因12个；癌旁组织共有差异基因5个；正常组织共有差异基因84个；Q组与F组的癌组织共有差异基因26个；癌旁组织共有差异基因6个；正常组织共有差异基因8个；B组与F组的癌组织共有差异基因22个，癌旁组织共有差异基因8个，正常组织共有差异基因15个。②对食管癌不同阶段筛选出的差异基因进行GO分类，主要分为三大类（细胞组成、分子功能和生物学过程）其中将这些差异基因按分子功能分主要涉及催化活性、信号转导、分子转运、结合、酶活性调节、转录活性调节、蛋白运输功能、细胞生长、凋亡等功能过程。③对食管癌不同阶段筛选出的差异基因进行信号通路（pathway）分析，筛选出的主要信号通路为：Neuroregulin receptor degredation protein-1Controls ErbB3receptor recycling，cdc25and chk1Regulatory Pathway in response to DNAdamage，Inhibition of Matrix Metalloproteinases，Small Leucine-richProteoglycan（SLRP）molecule，Mechanism of Acetaminophen Activity andToxicity等主要的信号通路。对食管癌不同证候筛选出的差异基因进行信号通路（pathway）分析：P组和B组存在的差异基因进行信号通路分析主要以TSP-1Induced Apoptosis in Microvascular Endothelial Cell，Drugmetabolism-cytochromeP450-Homosapiens和Drugmetabolism-otherenzymes-Homo sapiens（human）通路为主；P组和F组存在的差异基因进行信号通路分析发现主要与Dendritic cells in regulating TH1andTH2Development，Sonic Hedgehog（SHH）Receptor Ptc1Regul at es cellcycle和ADP-RibosylationFactor，通路有关；对P组和Q组存在的差异基因进行信号通路分析主要以Sonic Hedgehog（SHH）Receptor Ptc1Regulates cell cycle，Leukocyte transendothelial migration-Homo sapiens（human）、Antigen Dependent B Cell Activation、Alternative ComplementPathway，Small Leucine-rich Proteoglycan（SLRP）molecules通路为主；对Q组和B组存在的差异基因进行信号通路分析主要以RabGTPasesMark Targets In The Endocytotic Machinery，Drugmetabolism-cytochromeP450-Homosapiens（human），Transcriptional activation of dbpb frommRNA、Classical Complement Pathway，Complement Pathway通路为主；对Q组和F组存在的差异基因进行信号通路分析主要以Limoneneandpinene degradation-Homo sapiens（human），Th1/Th2Differentiation，TheCo-Stimulatory Signal During T-cell Activation、Phospholipase C-epsilonpathway通路为主；对B组和F组存在的差异基因进行信号通路分析主要以Bone Remodelling，IL17Signaling Pathway，Drugmetabolism-cytochrome P450-Homo sapiens（human）、Endocytosis-Homo sapiens（human）通路为主。结论：①食管癌不同阶段之间有其各自基因表达谱。其中神经调节蛋白受体降解蛋白1调控ErbB3受体再循环信号传导通路、基质金属蛋白酶抑制信号通路、细胞周期信号传导通路为食管癌三大主要信号传导通路；②食管癌中医不同证候之间有其各自基因表达谱，痰气交阻证候中差异基因功能主要是DNA甲基化、细胞增殖、DNA复制和酶活性调节；津亏热结证候中差异基因功能主要是DNA代谢过程、有丝分裂期、磷代谢过程；瘀血内结证候中差异基因功能主要是有丝分裂细胞周期、核分裂、细胞（核）分裂、细胞增殖；气虚阳微证候中差异基因功能主要是诱导细胞增殖和迁移、磷酸化作用和蛋白质转运。③对食管癌中医不同证候差异基因的信号通路分析，细胞周期信号传导通路均涉及到食管癌四个不同证候中，食管癌虚、瘀、痰、滞病机与不同的信号传导通路相关，其中痰气交阻证候中差异基因主要是参与MAPK信号通路；津亏热结证候中差异基因主要是参与Ca2+信号传导和基因转录；瘀血内结证候中差异基因主要是参与P53信号传导和DNA复制信号通路；气虚阳微证候中差异基因主要参与ErbB信号通路和细胞吞噬通路。初步揭示了食管癌不同证候的分子信号传导机制。