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侧耳属是一类广为分布的且具有食(药)用价值的木腐生真菌，种类较多，分类较为混乱。本文利用PCR产物克隆测序测定了侧耳属7个种和中国各地区栽培的11个侧耳品种以及外群黑木耳的核rDNAITS(内转录间隔区)序列，另外从GenBank获得23个侧耳种与外群亚侧耳的ITS序列。运用Bioedit与Phylip软件对所获得的ITS序列进行分析，构建了侧耳属系统发育树及我国各地区侧耳品种的亲缘关系树，获得了各供试侧耳之间的平均遗传距离，研究了供试侧耳的分类及系统亲缘关系。现将实验结果报告如下：
1.供试侧耳的ITS区(含ITS1，5.8SrDNA和ITS2)序列的长度范围为627-667bp，比对(alignment)后长度为731bp，变异位点为317个，信息位点为247个；其中，ITSl和ITS2的长度范围分别为225-266bp和228-262bp，变异位点分别为176个和139个，信息位点分别为142个和103个；5.8SrDNA长度范围为155-158bp，变异位点为4个，信息位点为2个。
2.以亚侧耳作为外群，利用MP(最大简约法)构建的系统发育树及它们之间的平均遗传距离表明：供试材料中已定种名的30个侧耳可以分为六组：第一组包括P.abieticola、P.fossulatus、刺芹侧耳、白阿魏蘑、杨侧耳、P.subarelatus、P.albitus、阿魏蘑、灰白侧耳、哥伦比亚侧耳、凤尾菇、佛罗里达侧耳和糙皮侧耳。第二组含P.australis、美味侧耳、肺形侧耳和P.oputiae。第三组含红侧耳、P.incarnatus、扇形侧耳和贝盖侧耳，它们之间具有非常近的亲缘关系。第四组含P.euosmus、黄白侧耳和金顶侧耳。第五组含囊盖侧耳、P.fusscosquamulosus、P.smithii和栎侧耳。第六组有P.javanicus与具核侧耳，这两者与其它侧耳的亲缘关系较远。其中金顶侧耳与黄自侧耳、佛罗里达侧耳与糙皮侧耳、红侧耳与P.incarnates、灰白侧耳与哥伦比亚侧耳为同一个种两个不同的名称；白阿魏蘑与刺芹侧耳和阿魏蘑有较密切的亲缘关系，但它们不是同一个种。而肺形侧耳与凤尾菇关系很远，应属于两个不同的种。
3.以黑木耳作为外群，利用MP(最大简约法)构建的亲缘关系树及它们之间的平均遗传距离表明：我国各地区主要栽培的侧耳品种按亲缘关系可分为五大组：第一组包括凤尾菇、灰白侧耳、佛罗里达侧耳、糙皮侧耳、缘刺侧耳、平802、日本秀珍和姬菇。其中糙皮侧耳与佛罗里达侧耳为同一个种，日本秀珍、缘刺侧耳及姬菇都为哥伦比亚侧耳下的栽培品种。第二组含杏孢菇、香侧耳、白阿魏蘑、刺芹侧耳、阿魏蘑，其中杏孢菇即刺芹侧耳与香侧耳具有非常近的亲缘关系，白阿魏蘑与白灵菇为同一个种两个不同的名称，而且杏孢菇、白灵菇与阿魏蘑之间有比较密切的亲缘关系。第三组含平963-1、杨侧耳。平963-1与杨侧耳亲缘关系较近，但不能确定它是否属于杨侧耳。第四组含平侧5、平8804、小白平菇、美味侧耳、肺形侧耳，其中平侧5和小白平菇是美味侧耳种下的栽培种。第五组含榆黄蘑、鸡汁菌、黄白侧耳，这三者之间具有非常近的亲缘关系，很有可能它们为同一个种。
以上结果为澄清侧耳属分类中出现的混乱现象，为进一步开发利用珍稀侧耳提供重要参考。