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目前，日益严重的全球性环境问题让人类开始寻求新的利用自然资源的模式。综合生态系统管理有别于传统的自然资源管理，它基于对生态系统组成、结构和功能的认识，将人类的经济活动和文化多样性看作重要的生态过程，融合到一定时空尺度的生态系统经营中，以恢复或维持生态系统的完整性和可持续性，被认为是一种创新的资源管理模式。本研究依托全球环境基金资助的丽江老君山综合生态系统管理项目，由于老君山生态环境保护和利用的外部效应突出，保护和受益脱节严重，建立老君山综合生态系统管理机制，其中生态补偿问题是关键环节。本文探讨建立生态补偿机制运用于综合生态系统管理的可行性，研究了生态补偿方案，以促进综合生态系统管理目标的实现。
生态补偿的理论研究。在前人研究的基础上，分析了大量国内外相关文献资料，总结了生态补偿的理论基础。包括环境资源价值理论、外部性理论和公共物品理论，分析了建立补偿机制的相关问题。
老君山生态系统及其综合管理现状调查。从社会经济、生态环境、管理等多角度，对老君山综合生态系统进行了分析，阐述老君山生态系统类型和生态系统服务功能的重要性及其对当地、区域乃至全球的生态意义，提出老君山综合管理存在的问题：利益群体间利益不平衡和各政府管理部门协作机制和制度缺失。提出老君山建立生态补偿机制的必要性。
老君山生态补偿方案的研究。研究了老君山生态系统服务功能的直接价值和间接价值，分析了以碳固定为代表的生态服务价值(220.08万元/年)，为了维持老君山生态服务功能所需要投入的费用(2178.38万元/年)等。分析了老君山生态补偿的主客体问题、补偿途径问题，提出老君山生态补偿需要建立多渠道融资渠道，探索了生态补偿机制在老君山综合生态系统管理中的运用。