Delftia tsuruhatensis MTQ3及其tetR缺失突变株的转录组分析

• 作 者: 李娜
• 机 构: 山东农业大学
• 出 处: 山东农业大学
• 发表日期: 2014年期
• 关键词: 代尔夫特菌 TetR家族 转录组测序 差异基因

本研究以在烟草根际土壤中筛选到的Delftia tsuruhatensis MTQ3为研究对象,进行MTQ3拮抗分子机制的相关研究。　　应用三亲本杂交的方法验证了调控tetR基因和MTQ3拮抗作用相关。将带有tetR基因的重组质粒PBR322-T导入突变株MTQ3-ΔT,获得重组菌株MTQ3-ΔT-P。采用对峙平板法,检测MTQ3、MTQ3-ΔT、MTQ3-ΔT-P的拮抗能力。对MTQ3进行了抑菌验证,并将MTQ3培养基进行了优化,使MTQ3在烟草青枯病病原菌平板上产生的抑菌圈最大,同时测定了MTQ3生长曲线。结果表明,MTQ3-ΔT-P完全恢复了拮抗能力,证实了tetR基因与MTQ3的拮抗性能有关,MTQ3对烟草青枯病病原菌具有稳定的拮抗能力,得到了MTQ3最优培养基的配方。　　基于Illumina HiSeq 2000测序平台,对野生菌株MTQ3和突变菌株MTQ3-ΔT进行转录组测序,最终得到了6294个Unigene。通过在数据库中比对分析,得到了差异显著的1428个Unigene。其中,突变菌株相对于野生菌株上调的差异基因有290个,下调的差异基因有1138个。发现了一些和NRPS合成相关的基因簇。在Pathway的富集结果中,发现将野生菌株MTQ3插入转座子突变之后,与CoA合成、氨基酸合成和脂肪酸合成相关基因普遍下调。所以我们推测调控基因tetR直接或间接调控产生的物质可能为脂肽类抗生素,脂肽的肽骨架可能是NRPS途径合成的,我们接下来会对相关基因进行进一步的功能验证。　　本研究以首次在烟草根际土壤中筛选得到的MTQ3为研究对象,并且利用转录组学的方法进行MTQ3拮抗分子机制的研究,意图获得tetR所调控的靶基因序列。这些注释信息的完成为该拮抗菌功能基因及相关抗生素合成的基因发掘提供了基础数据和重要依据,同时也为进一步克隆功能基因全长、研究基因相关的功能和基因敲除奠定了基础。