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人类采矿活动使得金属硫化矿暴露于地表，这些硫化矿在自然氧化、生物氧化和雨水作用下生成酸性矿坑水（AcidMineDrainage，AMD），并造成严重的环境污染。酸性矿坑水通常具有极低的pH值和有机物含量，以及高浓度的金属离子与硫酸盐。在这种极端环境中仍然存在一定的微生物种群，主要是细菌与古菌。这些微生物在硫化矿的进一步氧化和AMD的形成中又起到了重要的作用。因此，对酸性矿坑水体系中存在的微生物进行研究对生物浸出和生物冶金具有重要的理论和实际意义。
作为酸性矿坑水体系中的主要菌种之一，Acidithiobacillus ferrooxidans的分离与鉴定一直是生物冶金研究工作的重要内容。对分离所获得的纯培养Acidithiobacillus ferrooxidans，如何进行有效的系统发育地位鉴定并进行区分具有重要的实际意义。本文采用平板筛选分离方法分离纯化了9株嗜酸氧化亚铁硫杆菌，并进行了菌株基本性状的检测。然后，采用常用的分子标识16S rRNA基因和gyrB基因，以及嗜酸氧化亚铁硫杆菌的一些功能基因（铁氧化代谢相关的三个周质空间电子传递体基因：铜蓝蛋白基因（rus）细胞色素C（cyc1）基因和细胞色素（cycA-1）基因），以及基因组水平的rep-PCR技术对分离获得嗜酸氧化亚铁硫杆菌进行了分子多样性研究。结果表明16S rRNA基因虽在区分不同物种的微生物中起到重要作用，但在分辨率要求更高时应用受到极大限制，gyrB基因在微生物生态研究中获得越来越多的应用，但是在本实验中并未表现出比16SrRNA基因更高的区分能力。同时，三个铁代谢相关的嗜酸氧化亚铁硫杆菌周质空间电子传递体基因序列高度保守，所有菌株中只有Y1a的rus基因和cycA-1基因与标准菌株ATCC23270略有差别，其余菌株的该三个基因序列与ATCC23270的对应基因序列完全等同。基因组水平的rep-PCR技术的分辨能力最强。ERIC-PCR把包括ATCC23270在内的9个菌株被区分为6个分支。