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红树林是广泛分布于热带与亚热带潮间带的湿地林，它们是连接大陆和海洋重要的动态过渡带，为多样化的海洋真菌提供了必要的栖息之地。因此，红树林真菌成为了海洋真菌的第二大生态类群。内生真菌是指那些能够生活于健康植物体内而不引起植物组织病变的真菌；在一定程度上，它们代表了真菌的多样性和影响着生态系统中其它物种的群落结构和多样性。为了了解红树林生态系统中内生真菌的种群丰度和群落结构，本研究以高桥和东寨港红树林中的三种常见树种红海榄(Rhizophora stylosa)、秋茄(Kandelia candel)和木榄(Bruguiera gymnorrhiza)为研究对象，进行了红树林内生真菌多样性以及生态分布的研究，并取得了如下的成果： 从三种红树科植物的4200块组织中分离到了3500株内生真菌，通过形态学和分子生物学想结合的方法，鉴定到了44属107种；其中，子囊菌有3420株(97.71％)、担子菌有73株(2.09%)、接合菌有7株(0.2%)。本研究共报道了2个中国新记录种Acremonium cavaraeanum(Jasevoli)W.Gams、Endomelanconiopsis endophytica E.I.Rojas&Samuels。三种植物中内生真菌的多样性分别为：秋茄(84)>红海榄(74)>木榄(73)。 采样地点土壤性质的差异导致了三种植物中内生真菌的总定殖率之间的较大差异(51.9~75.4%)，但三种植物枝条中的内生真菌总定殖率要显著高于叶片和根部；红海榄和木榄的叶片和根中内生真菌的总定殖率受到地理因素的显著影响，在东寨港叶片中内生真菌的总定殖率要显著高于根部；而在高桥前者要略略低于后者。 座囊菌纲(Dothideomycetes)和粪壳菌纲(Sordariomycetes)真菌是红海榄、木榄和秋茄中的优势类群。内生真菌 Diaporthe phaseolorum是红海榄中的优势种，内生真菌Colletotrichum horii和 Diaporthe phaseolorum是秋茄中的优势种，内生真菌Lasidioplodia theobromea, Neofusicoccum australe和Diaporthe phaseolorum是木榄中的优势种。红海榄、木榄和秋茄枝条中内生真菌的多样性>叶片>根部。 某些内生真菌表现出了明显的宿主专一性，如Phoma medicaginis只在红海榄中被分离到；Botryosphaeria dothidea、Lecanicillium lecanii和Nemania bipaillata只在秋茄中被分离到；Colletotrichum fragariae和Diaporthe conorum只在木榄中被分离到。而内生真菌Pestalotiopsis clavispora表现出了较强的组织专一性，在本研究中，只在三种植物的枝条中分离到了该种真菌。