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随着知识经济的到来和城市竞争加剧,多数城市选择与其他城市合作来增强整体竞争力。因此了解城市知识网络结构演化特征,对促进城市间良好的合作有重要意义。生物技术是中国目前重点发展的高新技术之一,其研究成果能给化学、医药、环境保护等产业带来深刻的变革,知识溢出的效应明显。而且,随着研究的深入,生物技术知识主体间的合作程度很高,易于从合著论文中追溯知识流动的痕迹。鉴于此,本文以国际SCI和国内VIP数据库中2000-2012年我国学者发表于生物技术领域的合著论文为数据源,运用地理空间分析法与社会网络分析法,对我国城市知识网络结构演化特征进行分析。并在此基础上,探讨了长三角和珠三角在国际、国家、区域三级层面上的知识网络结构演化特征,亦进一步地对其影响因素做了分析。主要结论如下：第一,我国城市知识网络结构存在区域差异,但逐渐改善。在网络形成的早期阶段,我国城市知识网络结构存在明显的区域差异,主要是东部沿海地区的一些城市进行科技合作。随着时间的推移,一些中西部城市逐渐加入到知识网络中,其中一些城市在后期发展阶段亦成为网络的次级中心,中西部差异逐渐改善。第二,珠三角知识网络结构和长三角知识网络结构在同一层面存在差异。首先,在国际层面上,长三角知识网络中节点的度数差异逐渐减小,长三角与国外的间接联系得以强化,珠三角知识网络中节点度数差异则呈现增大的趋势。在合作强度方面,长三角与欧洲的联系多于珠三角的。其次,在国家层面上,长三角对外辐射的范围较大,使得更多的中西部城市参与到知识网络中。最后,在区域层面上,珠三角知识网络结构较为简单,呈现出以广州为中心,广州-深圳为主轴的空间格局,长三角知识网络结构最终发展为以上海、南京、杭州为中心,以上海-杭州、上海-南京为主轴的空间结构。此外,长三角知识网络规模、线数、平均度数等指标在国际、国家、区域三个层面上都明显高于珠三角第三,各个区域的网络结构在国际、国家、区域层面上存在纵向差异。长三角知识网络中间中心势的值在国家层面上最大,但其值逐渐缩小,2006-2012年,该值与国家及区域层面的中心势相近。与国际、国家层面相比,珠三角内部知识网络的节点更倾向于直接联系。第四,不同时空尺度上,多维距离对知识网络结构演化起到不同的作用。合作矩阵与社会距离、组织距离显著正相关、与认知距离显著负相关,地理距离对知识网络结构演化的影响具有不稳定性。