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翼手目是哺乳动物中的第二大目，尽管它与人类关系密切，相关的研究报道却很少，在我国其种群遗传学方面的研究尚无人涉及。本文以两种蝙蝠为研究对象，筛选其中一种小蝙蝠的微卫星位点以及利用微卫星标记对一种大蝙蝠进行种群遗传学的初步研究。
小黄蝠（Scotophilus kuhlii）是一种以食虫为主的小蝙蝠，主要分布在我国南方各地以及东南亚各国。为了获得用于研究小黄蝠遗传结构和遗传多样性的分子标记，我们利用探针富集法构建了小黄蝠的微卫星基因组文库，筛选出小黄蝠的11个高度多态性位点，并在小黄蝠海南种群的36个个体中进行检测。运用GENEPOP3.4进行哈-温平衡和连锁不平衡检测，结果表明，所有位点都符合哈-温平衡，并且不连锁。这些标记为小黄蝠种群遗传学研究提供了更多的工具。
犬蝠（Cynopterus sphinx）主要分布于热带及亚热带地区，是我国最具代表性的果蝠之一。由于人类活动的加剧，生态环境的破坏、栖息地的片断化对物种生存的影响越来越受到各国学者的关注。本文采用已报道过的8个微卫星位点对7个地区的犬蝠种群进行了遗传多样性和遗传结构的分析，结果表明：（1）各种群平均等位基因达10.2，总的观测杂合度在江门种群内最高（0.8418），而北海种群最低（0.7274），所有种群只有2个未出现极显著的哈-温平衡的偏离情况，有5个种群出现极显著偏离哈-温平衡，主要表现为杂合子不足；（2）种群遗传分化分析表明，除了少数几个种群外，绝大部分两两种群的比较均显示差异显著（P<0.001）；（3）种群的距离隔离模式的回归分析表明，包括印度在内的所有种群遗传距离仍然遵循距离隔离模式（b=2E-05，R2=0.916，P<0.001），而在中国范围内的种群并没有获得相似的支持。根据UPGMA算法构建的种群系统树也显示种群间的聚类关系与空间距离的远近关系相吻合。上述结果表明，犬蝠的遗传多样性比较高，种群历史较长，大多数种群出现杂合子不足，显著偏离哈-温平衡，可能与人类活动造成犬蝠分布区域片段化有关。