海洋拟杆菌的富集培养与新物种鉴定

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通过富集培养和16S rRNA基因序列的相似性比对、并构建系统发育树对威海近海小石岛沉积物和金海滩沉积物、福建近海二都蚶养殖区沉积物和漳州红树林沉积物可培养细菌的多样性进行了研究。用2216E和TSA培养基从威海近海小石岛沉积物和金海滩沉积物、福建近海二都蚶养殖区沉积物和漳州红树林沉积物中分别分离到117、135、15、15株细菌,通过形态学特征选择性筛选后,分别选取97、111、11、11株具有代表性的菌株进行了16SrRNA基因测序和基于16S rRNA基因序列的系统发育多样性分析。结果表明,小石岛沉积物97株细菌分别属于细菌域的4个大的系统发育类群(Actinobacleria, Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria)的25个科,42个属。其中拟杆菌门菌株FX10, FX11, FX12和XM4与相关模式菌株的16SrRNA基因相似度较低,初步推断这4株菌可能代表新的分类单元。从金海滩沉积物分离的111株细菌分别属于细菌域的4个大的系统发育类群(Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Groteobacteria)的31个科,51个属。其中拟杆菌门菌株FH2、FH4、FH5、FH6、 FH7、FH8和KH2可能是新的海洋细菌。从福建近海二都邯养殖区富集培养液分离的11株菌分别属于细菌域的2个大系统发育类群(Bacteroidetes, Proteobacteria)中的3个科,4个属。从福建漳州红树林沉积物富集培养液分离的11株菌分别属于细菌域的4个大系统发育类群(Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria)中的4个科,7个属。海洋沉积物经富集培养3周后,2216E培养基分离到的疑似新物种细菌中拟杆菌门细菌是优势菌群。研究表明威海近海沉积物以及福建近海沉积物中的可培养细菌存在着较为丰富的物种多样性和系统发育多样性,并存在较多新的拟杆菌物种。在对金海滩沉积物分离到的细菌多样性研究中,基于16S rRNA基因序列分析,发现菌株FH5为拟杆菌纲(Bacteroidia)的一个新科—龙细菌科(Draconibacteriaceae),通过形态学、生理生化特征研究表明FH5为革兰氏阴性,兼性厌氧菌,无鞭毛,在2216E培养基上形成浅粉色菌落。最适生长条件是:28-33℃, pH6.5-7.5,1-5%(w/v) NaCl。DNA (G+C)含量是44.2mol%。主要脂肪酸有anteiso-C15:0, iso-C15:0, C17:1ω6c, anteiso-C17:0, Sum In Feature4(anteiso B/iso I-C17:1), C17:02-OH, iso-C16:03-OH, Sum In Feature1(C13:03-OH/15:1i H)。细胞极性脂包括磷脂酰乙醇胺、胺脂质、磷脂质、脂质。基于以上研究,将FH5命名为命名为东方龙细菌(Draconibacterium orientalis)。模式菌株是FH5T(=DSM25947T=CICC10585T), FH5T的16S rRNA基因序列的GenBank收录弓是JQ683778。以同样的方法对实验室保存菌株HY2和HY3也进行了分类鉴定。HY2是革兰氏阴性、氧化酶阴性、兼性仄氧杆菌,无鞭毛。最适生长条件:28-33℃, pH7.2-8.4,0.5-4%(w/v)NaCl,细胞脂肪酸主要包括iso-C15:0,C15:0,C15:1ω6c, iso-C13;03-OH, anteiso-C15:0,C15:03-OH, C66:03-OFI,C16:0。基因组DNA (G+C)含量是45.9mol%。基于16SrRNA基因序列的系统发育分析表明HY2属于海洋滑动菌科Marinilabiliaceae,但是与目前已发表属的相似性<91%。因此我们认为HY2应该代表一个新属,命名为黄色滑动菌属Flavilabilia。模式菌种是HY2T (=DSM24566T=CICC10658T),命名为海洋黄色滑动菌Flavilabilia marina,16S rRNA基因序列的GenBank收录号是JQ683774。HY3是革兰氏阴性、无鞭毛的直杆状或略有弯曲的杆状菌。最适生长条件是30-35℃, pH6.5-8.0,0.5-3%(w/v) NaCI。HY3的主要醌类型是MK-7,脂肪酸是iso-C15:0, C15:0,iso-C15:03-OH, C15:1ω6c, anteiso-C15:0,iso-C17:03-OH, C15:03-OH, iso-C16:03-OH, C17:1ω6c,iso-C16:0,iso-C14:0,C16:03-OH。基因组DNA(G+C)含量是45.5mol%。基于16S rRNA基因序列的相似性分析表明HY3属十海洋滑动菌科(Marinilabiliaceae)的黄色滑动菌属(Flavilabilia)的新种。基十形态学、生理生化和分子特征分析,我们认为HY3代表新种—威海黄色滑动菌Flavilabilia weihaiensis。模式菌种威海黄海黄色滑动菌Flavilabilia weihaiensis是HY3T(=DSM24567T),16SrRNA基因序列的GenBank收录号是JQ683775。对发酵噬纤维菌Cytophaga fermentans分类地位进行修订,根据16S rRNA基因序列分析和生理生化特征分析,属于海洋滑动菌科(Marinilabiliaceae)新属。
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