论文部分内容阅读
屠体和产蛋是家禽生产中重要经济性状。挖掘与目标性状相关的遗传变异位点和候选功能基因,实施精准分子育种可提高育种效率。本研究针对雪山草鸡D系的屠体性状和F系产蛋性状进行了遗传参数估计和全基因组关联分析（Genomewide association study,GWAS）。（一）雪山草鸡D系屠体性状遗传参数估计和GWAS以江苏立华牧业公司雪山草鸡配套系D系为研究对象,公母各150只,收集90日龄屠体及内脏器官表型。利用重测序技术对试验个体进行突变位点筛查并质控。共得到298只有效个体,7882695个SNPs位点参与后续遗传参数估计及GWAS分析。利用DMU软件,对11个外部屠体性状进行遗传参数估计,结果显示体重（BW）、屠体重（CW）、屠体率（CWP）、全净膛重（EW）、全净膛率（EWP）、胸肌重（BMW）、胸肌率（BMWP）、腿肌重（LMW）、腿肌率（LMWP）、爪子重（PW）和爪子率（PWP）等性状遗传力分别为 0.41,0.39,0.40,0.40,0.42,0.37,0.36,0.29,0.33,0.31和0.34。其中,BW、CW、EW、BMW、LMW和PW间呈现较高的遗传相关,相关系数在0.31-0.98之间。肝脏率（LP）、心脏率（HP）、脾脏率（SP）、肺脏率（LuP）、肌胃率（GsP）、腺胃率（PsP）的遗传力分别为 0.27,0.33,0.32,0.29,0.38,0.44。利用GEMMA软件对上述17个性状进行关联分析。共发现41个与外部屠宰性状相关的显著SNP位点,这些位点分别解释了 1.64～3.23%的表型变异。对显著 SNP位点注释发现 SLIT2、KCNIP4、PHF14、NDUFA4、M6PR 和 SLITRK6等基因可能与外部屠宰性状有关。共发现11个与前述器官指数相关的显著SNP位点,这些位点分别解释了 0.98～3.28%的表型变异,经注释发现FAM105A,DEUP1,HEPHL1,PP4R1,TRIM,LGR6和STX19等基因与鸡的免疫和代谢有关,值得进一步进行研究。（二）雪山草鸡F系产蛋性状遗传参数分析和GWAS以雪山草鸡配套系F系为研究对象,收集3个世代60周龄产蛋性状相关表型。利用50KSNP芯片对第3世代中2000个体进行SNP分型并质控。共有1996只有效个体,37838个SNPs位点参与后续遗传参数估计及GWAS分析。利用DMU软件,对8产蛋性状进行了遗传参数估计,结果显示畸形蛋（ME）、破壳蛋（BK）、软壳蛋（SS）、沙壳蛋（CD）、缺陷蛋（DE）、开产日龄（AFE）、合格蛋数（QE）和总蛋数（EN）等性状基于系谱的遗传力分别为0.013,0.0056,0.015,0.024,0.016,0.11,0.027,0.033;基于基因组的遗传力分别为:0.0085,0.0064,0.030,0.0028,0.030,0.14,0.11,0.14。其中 ME、BK、SS、CD 和 DE 相关性状间具有极显著的遗传相关,相关系数为0.076～0.72。AFE和QE及EN间有不强的遗传负相关,相关系数为-0.058和-0.061,QE和EN有极显著的正遗传相关,相关系数为 0.97。利用GEMMA软件对上述8个性状进行关联分析。共发现40个与产蛋性状相关的显著SNP位点,这些位点分别解释了 0.89～3.12%的表型变异。对显著SNP位点注释发现,包括ENTPD3、NOD1和PRL14等多个候选基因可能与产蛋性状有关。这些基因参与到机体的免疫、生殖和生长发育等生物学途径。值得进一步进行研究。以上研究结果为提高鸡基因组选择育种的效率和进一步挖掘地方特色优质肉鸡屠体及产蛋性状的关键基因提供了有价值的数据支持。