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科研机构作为科技创新的重要单位，承担了国家创新发展战略的重要使命。为符合创新驱动发展战略需求，有必要对科研机构的研究发展态势进行深入的定量化分析。现有研究对科研机构的定量化态势分析，主要以文献数据最为常见。然而基于文献数据的研究具有一定的局限性，例如文献发表相对于科研活动的滞后性、文献的学科归属问题等。为了弥补文献数据在进行科学计量学问题研究的局限，科研项目数据逐渐进入研究者的视线。然而，使用项目数据进行科研机构发展态势的定量研究较少，因项目数据特征所带来的研究视角的转变、研究方法的改进等问题，尚缺乏深入的探讨和实证研究。 本文选取了科研机构的热点前沿态势、学科交叉态势和经费均衡度态势三个方面，深入探讨了科研项目数据在进行科研机构定量化态势分析过程中的一系列科学问题。具体而言，本文的主要研究工作和创新点体现在以下3个方面: (1)针对论文数据因发表、引用周期所产生的滞后性问题，提出了利用科学基金项目关键词分析科学研究前沿的思路，并运用共词分析方法，分析了中国科学院地球科学领域的研究前沿。理论上分析梳理了不同类型数据样本对于研究前沿及时发现的影响，实证研究收集了2011-2016年中科院在国家自然科学基金委地球科学领域的基金项目数据，分析得到了中国科学院地球科学领域的研究前沿，及各时期演化过程，并对比分析了使用同时期Web of Science收录的中科院地球科学领域的论文数据所发现的研究前沿结果。结果表明，项目关键词的高度概括性和项目数据产生的前瞻性可以有效且及时地发现科研机构的学科研究前沿。 (2)针对论文数据中学科交叉信息不全面、论文（期刊）与学科概念不对等的问题，提出了基于项目申请代码的学科交叉研究框架和测度方法。在现有科研项目管理机构的学科分类体系基础上，提出了自上而下的学科交叉研究框架;结合项目数据特征，提出了基于学科代码共现的学科交叉测度指标体系，包括条件学科多样性、跨学科熵和学科相似性。实证研究以2011-2015年中国科学院在国家自然科学基金委员会获得资助的双代码项目为研究对象，建立了“学部—学科—子学科”的三层学科交叉测度体系，给出了各学科层面下的学科交叉测度结果。结果表明，利用项目数据进行学科交叉研究可以捕捉完整的学科交叉信息，实现了全学科各层面的学科交叉态势综合测度。 (3)总结提出了影响科研经费分配均衡度的关键因素，并定量分析了这些因素对经费均衡度度量产生的度量偏差，使得经费均衡度度量更为全面准确。推导分析了经费均衡度度量偏差的产生机理，包括研究层面、经费来源、经费再分配和是实际科研人员统计口径等四种影响因素。实证研究选取2011-2015年中国科学院科研项目经费数据和人员数据，将科研经费的基尼系数扩展到个人层面，逐步加入四个影响因素修正经费均衡度度量的结果。结果发现，考虑四种影响因素后使用项目数据计算的科研经费基尼系数，弥补了现有研究中施加假设的不合理性，实现了科研经费均衡度的精确度量。