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羊肚菌(morel)为羊肚菌属Morchella数种菌的总称，是世界公认的一类珍贵、稀有食（药）用真菌。羊肚菌是国际上最重要的贸易真菌之一，亦是我国重要出口创汇野生食用菌。羊肚菌子囊果常表现出极高的多态性，且外部形态特征在种间存在过渡状况，依据传统形态特征对羊肚菌很难进行准确的分类和鉴定。若要对羊肚菌属进行准确的分类，需借助分子生物学、遗传学等方法进行综合研究。羊肚菌商业化栽培尚处在起步阶段，产量有限，市场上的销售几乎全部来自野生，过度采集、生境散失和片段化导致羊肚菌种群数量日益减少，遗传多样性逐渐散失。开展遗传多样性研究，研究自然种群的遗传多样性组成状况，为羊肚菌的有效保护提供重要的理论指导。本研究应用rDNA的ITS序列比对技术对滇西北地区常见的羊肚菌进行分子鉴定，为羊肚菌的正确分类提供帮助，分析羊肚菌属种间ITS序列差异，以期为深入研究羊肚菌种类分化的变异规律提供理论依据。应用ISSR分子标记方法对羊肚菌的遗传多样性进行研究，深入了解该地区羊肚菌的遗传结构，全面评估自然种群的分布情况和濒危状况。
主要研究结论如下：
1.BLAST比对结果表明试验样品只有5种羊肚菌：粗柄羊肚菌(M.crassipes)、美味羊肚菌(M.esculenta)、黑脉羊肚菌(M.angusticeps)、尖顶羊肚菌(M.conica)和高羊肚菌(M.elata)。
2.羊肚菌种间ITS序列的变异位点和同源性比较结果表明，羊肚菌属种间的ITS1序列变异很大，ITS2序列较为保守，5.8SrDNA序列最为保守，变异主要发生在ITS1序列上。
3.系统发育分析结果表明粗柄羊肚菌(M.crassipes)和美味羊肚菌(M.esculenta)组成第1类群，属于黄羊肚菌类群(Yellow morel);黑脉羊肚菌(M.angusticeps)、尖顶羊肚菌(M.conica)和高羊肚菌(M.elata)组成第2类群，属于黑羊肚菌类群(Black morel)。
4.ISSR多态性分析结果表明滇西北地区羊肚菌居群有较高的遗传多样性，物种水平上的多态位点百分率PPB＝79.55％。
5.羊肚菌居群间的遗传分化大于居群内部的遗传分化，遗传变异主要存在于居群间。5种羊肚菌遗传多样性由高到低的排列顺序依次为：尖顶羊肚菌＞黑脉羊肚菌＞高羊肚菌＞羊肚菌＞粗柄羊肚菌。