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通过与模式植物短柄草、水稻以及玉米等已知基因组序列的比较基因组来开发新的标记,用于基因的精细定位、基因克隆和分子标记辅助育种,这对于小麦优良基因的研究和应用具有实践和理论价值。此外条锈病严重危害着小麦产量,条锈菌生理小种的变异致使培育的抗条锈病品种逐渐丧失抗性,对新的抗条锈病基因资源的鉴定和研究是长期而紧迫的任务。本研究应用比较基因组方法,通过小麦2B染色体EST与短柄草、水稻以及玉米基因组序列的比对信息,研究该染色体与其他三个基因组的同源性关系,根据共线性区段内基因设计新的EST引物,进行引物的染色体定位及有效性分析。另外我们对一个小偃麦渗入系材料11C666-3进行了抗性鉴定和遗传分析。获得如下研究结果：1、小麦2B染色体上EST序列和三个基因组序列比对结果显示,在三个基因组中共分布有同源性位点1125个,其中玉米中287个,水稻中299个,短柄草中539个,短柄草的Bd1、Bd5水稻的Os7、Os3以及玉米的Zm7与小麦染色体2B具有较高同源性。2、短柄草Bdl染色体的13467797bp-17757616bp区段内集中分布70个同源性位点,该区段与小麦2B染色体存在共线性的关系。3、根据短柄草Bdl染色体上的共线性区段,下载并筛选该区段内的短柄草基因,利用其序列设计了242条EST引物,并用中国春缺体-四体系将162条引物定位到了小麦染色体上,其中38对引物在小麦2B染色体上有扩增位点。4、运用13个小麦品种(系)及材料11C666-3对染色体已定位的162对引物进行了扩增验证,平均有72.0%引物能扩增出丰富条带,能够扩增的引物所占比率范围为59.2%-88.2%,有105对引物能在材料11C666-3中扩增。多数引物可以应用于不同小麦群体的分子标记分析。5、对小偃麦渗入系材料11C666-3进行了抗条锈病鉴定和遗传分析。对材料11C666-3与感病品种绵阳11和台长29分别做正反交,Fl自交得F2群体,通过F1、F2分离群体和双亲本田间混合条锈菌接种、抗条锈病鉴定,发现11C666-3对当前流行条锈菌生理小种近免疫,F2抗：感分离比符合3：1的期望值,初步证明该材料的抗锈性由一对显性核基因控制。