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本文使用线粒体基因ND2、CO I和核基因28S rRNA、Adh作为分子标记，应用MEGA3.1、DAMBE、Modeltest3.7、PAUP*4.0b10、MrBayes3.0等软件，采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)、贝叶斯法(BI)等方法，通过单个基因和合并数据的分析，以果蝇亚科作为外群，对冠果蝇亚科的12个属的分子系统发育关系进行了研究。同时使用ND2基因作为分子标记，以白果蝇属作为外群，结合形态特征对拟白果蝇属进行系统分析。主要结论如下：
以果蝇亚科三个属Liodrosophila,Mycodrosophila和Scaptodrosophila作为外群，支持冠果蝇亚科作为单系群。
各个属独立分支形成单系；Luzonimyia、Parastegana、Pseudostegana属位于基部，首先分离出来，Parastegana与Pseudostegana形成姐妹群，然后Stegana属分化出来，其他8个属形成一个较大的单系群，而Amiota、Apsiphoraca、Apenthecia、Cacoxenus 和Phortica五个属组成一个单系群，获得高的支持，其中Apenthecia、Cacoxenus和Phortica三个属形成进化簇，并获得较高的支持率；Pararhinoleucophenga和Leucophenga属形成姐妹群，支持率较高。
支持将Apsiphortica亚属提升为属级阶元；支持将Phortica亚属提升为属级阶元;支持将Parastegana、Pseudostegana亚属提升为属级阶元；支持Amiota、Cacoxenus、Apenthecia、Apsiphortica、Phortica五个属形成单系群；支持Apenthecia、Cacoxenus和Phortica三个属形成单系群。
不支持将冠果蝇亚科分为两个族。
以白果蝇属两个种Leucophenga angusta和Leucophenga quadripunctata为外群，强列支持拟白果蝇属成为一个单系群；p.argentosa、p.brevipenis、p.emeiensis、p.javana、p.longiseta有不同的地理种群，这些地理种群也各自汇聚形成单系；不同建树方法得到的系统树一致显示，p.emeiensis首先分化出来，位于根部，其它的物种形成单系群，姐妹种p. javana和p.tanydactylia形成一个分支，p.argentosa、p.brevipenis、p.hirtipenis、p.longiseta形成另一个分支，其中p. brevipenis和p.hirtipenis为姐妹种关系；p.shanyinensis Chen & Toda(1994)和p.argentosa Okada(1956)形态鉴别特征不明显，而分子数据显示两者遗传距离很小，因此认为p.shanyinensis Chen & Toda(1994)是p.argentosa Okada(1956)的同物异名；分子数据反映的种间系统关系与种间形态鉴别特征的相互印证。
尝试将DNA序列信息化，制成检索表，建立DNA条形码用于物种鉴别，进行分类。