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随着知识经济时代的到来，自主创新能力成为提升企业核心竞争力的关键因素。科学准确地选择出适合于企业自身的自主创新模式，既有助于企业识别出其发展的核心源动力，而且能够找到有效提高自主创新能力的途径，促进企业实现可持续发展。随着高新技术的快速发展，作为企业中的特殊群体——高新技术企业，在国民经济发展、科技研发、人民生活水平提高等方面发挥着越来越重要的作用。为发挥高新技术企业在自主创新中的主体作用，选择适合于自身实际的自主创新模式，已成为其确定自主创新路径、提高自主创新能力的重要战略决策，对于帮助高新技术企业提升核心竞争力具有重要的理论意义和现实意义。本文在总结国内外企业自主创新研究成果的基础上，对自主创新及其模式选择等相关理论进行了重新界定。以A高新技术企业为例，运用PCA方法，确定影响A高新技术企业自主创新战略模式选择的相关因素。在此基础上，利用GE矩阵选择适用于A高新技术企业的自主创新模式，最后提出确保A高新技术企业自主创新模式有效运行的对策与建议。通过系统研究，得出以下结论：（1）影响A高新技术企业自主创新模式选择的关键因素分为内部因素和外部因素。内部因素主要包括企业自主创新资源环境、企业创新氛围、企业家队伍、内部激励机制以及产权结构等。外部因素主要包括社会创新氛围、成果市场、创新教育以及产业发展环境等。（2）在当前情况下，A高新技术企业应选择的自主创新模式应该为：在引进消化吸收再创新的基础上，向集成创新模式转变。（3）A高新技术企业在模式转变过程面临着诸如政策引导与支持不够、资金短缺、创新人才不足、企业家创新精神不足、成果转化率较低等难题。为保障转变后的A高新技术企业自主创新模式有效运行，建议采取加强企业自身的主体建设，促进企业与高等院校、科研院所的协同创新，积极发挥政府的导向和支持作用等对策和措施。