论文部分内容阅读
鸡不仅是重要的农业经济动物，而且是重要的模式生物。2004年3月鸡的基因组测序计划顺利完成，绘制了覆盖率为6.6X的序列图谱和含有280万个SNP(singlenucleotidepolymorphisms)的遗传变异图谱，这为寻找基因、发现基因并研究其功能提供了坚实的基础。目前利用资源群体或者商业群体对于鸡的质量性状和数量性状进行了大量的研究。在许多群体中影响数量性状的座位都得以定位，这是进一步克隆和研究基因功能的基础。中国农业大学资源家系是由法国明星肉鸡和丝羽乌骨鸡构建的F2群体。本研究对其扫描研究以期定位并克隆影响重要表型性状的基因。本研究对中国农业大学资源家系进行扫描，绘制了鸡的遗传连锁图谱，131个微卫星标记分布在29个连锁群中，1-15、17-24、26-27、E22C19W28、E26C13、E50C23和Z染色体上，总长为3309.4cM，雌雄遗传图谱差异为3.61％。
基于遗传连锁图谱，本研究对鸡的数量性状进行区间定位分析。分析时采用静态QTL定位和动态QTL定位两种分析方法。定位了影响鸡体重性状的静态QTL位点7个、动态QTL位点9个，影响鸡胫骨长性状的静态QTL位点7个、动态QTL位点6个，影响屠体性状的QTL位点18个，影响体尺性状的QTL位点26个。在这些位点中有9个达到基因组极显著水平(P＜0.01)，分别为1号染色体0cM处DQW1、36cM处QCB23、40cM处SQW1、155cM处QCB17、184cM处QCB19，2号染色体22cM处QCB21、70cM处SQS1、74cM处DQS2，3号染色体297cM处QCB6。
基于遗传连锁图谱，本研究对鸡的质量性状进行了分析。将丝羽性状定位在3号染色体上，将缨头性状定位在E22C19W28连锁群中。在2号染色体上发现存在影响多趾性状的位点，在7号染色体上发现存在影响冠形单复的位点，对于颜色性状找到多个对之造成影响的区域。在初步定位的基础上，对体重性状进行了进一步研究，将23号染色体上类结缔组织生长因子基因作为候选基因进行研究。结果表明该基因扩增产物的HhaI酶切位点多态性与鸡的早期生长体重相关，可以把其作为影响鸡早期生长体重的候选基因进行深入研究。
结合FISH、BAC末端测序、比较基因组学方法，将E22C19W28连锁群进行扩充，并在扩充的基础上精细定位了缨头性状(crest)，结果为：GYU019-23.2-YT14185-2.7-MCW0317-10.8-GYU067-0.0-crest-0.0-GYU071-11.0-SCN8A-8.7-GYU052-16.1-ROS0306(间距单位为cM)，找到了与缨头性状紧密连锁的标记GYU067和GYU071，并根据序列信息做了候选基因分析，推断该区间的HoxC11可以作为影响缨头性状的候选基因进行深入研究。
基于初步定位的结果，在3号染色体上增加新的标记对丝羽性状(H)进行定位，结果为：ADL0127-35.2-CAU008-3.4-CAU006-0.0-H-6.3-CAU002-2.4-CAU001-12.7-ADL0115-28.1-ADL0306-14.1-GCT0053(间距为单位cM)，找到与其紧密连锁的标记，并根据标记所在位置的基因NP060483.2进行了深入分析。利用RT-PCR方法对其进行表达分析，结果表明，该基因在片羽鸡和丝羽鸡的各个组织表达情况不同，特别是其在片羽鸡的皮肤组织中表达，而在丝羽鸡的皮肤组织中不表达，该基因可以作为候选基因进行深入研究。