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随着工业社会的发展，环境问题逐渐引起人们的关注，并已经成为威胁人类生存与发展的全球性问题。面对这种威胁，人们采取法律调控手段来解决环境问题，而且已经产生了一定的功效。但是，环境问题仍然很严重，表现之一就是环境犯罪的普遍发生。刑法是其他法律手段的最后防线，在其他法律制裁不力时发挥着重要的作用，其是通过刑事机制来保护环境的。基于环境问题的特点、环境刑法与环境行政法的关系，环境刑事保护机制应置于整体性思维的考量下，并对其进行整体性与动态性的研究。然而，现阶段运用刑法打击、惩治环境犯罪行为的力度明显不足，这与现有的环境刑事保护机制的不完善有直接的关系。现有刑法对环境保护不力，附属环境刑法形同虚设，环境刑事司法存在问题，司法机关在行使司法权时存在弊端。究其原因，主要体现在三个方面，即人类中心主义思想根深蒂固；在我国司法权依附于行政权；司法机关的专业素质不强，影响其执法能力。在对其成因进行深入分析的基础上，对环境刑事保护机制提出了完善建议。首先，转变对环境犯罪的认识。主要体现在对环境犯罪行为私人侵权性及具有自然犯的属性的认识的转变。其次，完善环境刑事立法。重在重构环境刑事立法理念。作为应对环境问题的环境刑法，既是国家刑事法律体系的组成部分，又是国家环境法律体系的组成部分。因此，其立法理念既要体现环境法的价值，又要体现刑法的价值。现代人类中心主义环境伦理观符合刑法实现人与自然可持续性发展的目的，是刑法的伦理基础，应成为环境刑法的立法理念。其与现代刑法追求的价值——刑法的谦抑性并不矛盾。同时要创制专门的环境刑事立法。再次，强化环境刑事司法。主要是转变环境刑事司法理念及强化环境刑事司法与环境行政执法的衔接。第四，加强司法机关的专业素质。在司法队伍中配备环境专业技术人才；加强环境犯罪相关人员的专业知识培训；加强司法人员与环保行政执法机关的协调合作，提高执法能力。通过对环境刑事保护机制的完善，调控社会经济发展与环境保护之间的紧张关系，从而实现人与自然的可持续性发展。