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从四川省若尔盖高原16个样点采集亚高山草甸土壤26份,采用稀释平板测数法分析了土壤细菌的数量,分离获得124株细菌,采用BOXAIR-PCR、16S rDNAPCR-RFLP、16S rRNA基因全序列分析,研究了供试菌株的遗传多样性,初步确定了其系统发育及分类地位。其结果如下:1.若尔盖草甸土壤细菌数量范围在0.5×105 cfu.g-1-28.5×105 cfu.g-1,土壤细菌的剖面变化规律为从上到下数量依次减少。在分离得到的124株细菌中,革兰氏阳性（G+）细菌共72株,占总数58.1%,其中芽孢杆菌有27株;革兰氏阴性（G-）细菌52株。2.BOXAIR-PCR聚类分析中,供试菌株表现出了很大的遗传差异,BOXAIR-PCR指纹图谱分析中,63株G+细菌和46株G-细菌分别在71%和73.5%水平上分为9个和8个遗传群,供试菌株表现出一定的差异性,呈现出丰富的多样性。3.供试菌株的16S rDNA PCR-RFLP图谱存在明显的差异,43株G+细菌和30株G-细菌分别在76%和75%水平上都分为7个遗传群。BOXAIR-PCR分析结果和16S rRNA PCR-RFLP聚类分析的结果基本一致。4.对22株代表菌株测定16S rDNA序列,获得了15个菌株的16S rDNA部分序列和7个菌株的16S rDNA全序列,构建的16S rDNA序列系统发育结果表明,22个代表菌株分布于7个系统发育分支,包括了假单胞菌属（Pseudomonas）、Providencia属、不动杆菌属（Acinetobacter）、代尔福特菌属（Delftia）、中华根瘤菌属（Sinorhizobium）、Lysinibacillus属和芽孢杆菌属（Bacillus）。其中,芽孢杆菌属分支有8株细菌,分别为REG180、REG145、REG210、REG200、REG150、REG105、REG129与REG126;假单胞菌属（Pseudomonas）分支分布有5个菌株,分别是REG109、REG110、REG207、REG160和REG101;Delftia属分支上有REG147、REG174、REG143和REG131;REG175和REG132位于不动杆菌属（Acinetobacter）分支上,REG197、REG190和REG203分别位于Lysinibacillus属、中华根瘤菌属（Sinorhizobium）和Providencia属分支上。