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传染病是与人类的历史相生相伴的。当前，我国在传染病防治领域已经形成了“多层次、多类别”的规范体系。传染病防治中影响公民基本权利的法律措施包括:1.报告制度，2.强制检查制度，3.隔离制度，4.紧急措施，5.疫区封锁，6.婚育控制，7.就业控制，8.保障措施，9.传染病防治中的公共参与。这些防治措施给公民权利保障的同时，也施加了不少限制。很多限制措施还是全能政府理念下的产物，在法治进程不断加快的今天，面临合宪性和合法性的挑战。
传染病防治与公民基本权利保护的关系需要具体分析。按是否应受防治措施影响这个标准，公民基本权利可分成两大类:一类不应受到传染病防治措施的影响，如生命权、人格尊严、宗教信仰自由;另一类可以受到传染病防治的合理限制，如人身自由、隐私权、财产权、知情权。如何把握限制的合理界限是促进防治措施和基本权利保护两者良性互动的关键。传染病防治和公民基本权利保护的关系实质上属于一种法权配置关系，促进两者的平衡是法权配置的目标。从辩证的角度来看，传染病防治在公民基本权利保护问题上展现二重性:传染病防治是公共利益的要求和体现，同时又表现为一般化、普遍化的个体利益;公民基本权利是个体利益的法律表现，但同时它又是个别化、具体化的公共利益。传染病防治与公民基本权利表面上存在对立，但在根本上又有一致性。之所以防治措施会对公民基本权利造成损害，主要是因为以下三方面原因:1.公共利益被泛化，2.公共利益绝对高于个体利益的误区，3.对比例原则的违背。不过，需要指出的是，防治措施和基本权利保护之间的矛盾不是以上三方面原因就能完全解释清楚的。不同的防治措施，针对不同的公民基本权利，其产生矛盾的原因可能都需要根据具体情况单独分析，其采取的解决方案也可能不尽相同。
平等原则是我国现行宪法确认的一条基本宪法原则。平等容忍合理差别而反对歧视。在传染病防治过程中，传染病患者或病原携带者可能受到多方面的歧视。对乙肝和艾滋病的防治便是其中最著名的例子。宪法规定公民在行使自由和权利的时候不得损害公共利益，但是只要找不出乙肝或艾滋病携带者正常的社会活动有传播疾病的危险，我们就不能给他们基本权利的行使设置种种门槛，否则就对他们构成歧视。在反歧视案件中，我们要区别合宪性审查和合法性审查。著名的“乙肝歧视第一案”不是一个违宪审查案件，只是一个违法审查案件，对宪法的援引只是遵守宪法，而非适用宪法。“艾滋病歧视第一案”也是一个违法审查案件，被告适用的体检标准误读了《教师法》，并与《传染病防治法》、《就业促进法》以及《公务员法》相悖，同时也缺乏影响公共利益和他人利益的直接法律依据。可惜，法院并没有采纳本案中原告方的意见，这与前述“乙肝歧视第一案”形成鲜明的对比。
传染病防治中的知情权与隐私权保护也是值得探讨的问题。传染病防治工作的展开、进行、完成，都对知情权的保护具有很大的促进作用。在传染性非典型肺炎防治初期，我国不少地方政府隐匿疫情，严重违反当时的《传染病防治法》第23条。2004年《传染病防治法》的修订以及2007年《突发事件应对法》的实施进一步保障了公民的知情权。作为一种新兴的公民基本权利，隐私权比传统自由权更强调精神层面的自由。在传染病防治需要的时候，公民得允许他人在一定程度上依法介入自己的私人生活领域。法定疫情报告程序就在一定程度上要求公民对隐私权加以克减。不过，与传染病防治无关的隐私信息泄露是对公民隐私权的侵犯。传染病防治中的知情权与隐私权不必然冲突，两者冲突时隐私权并不必然让位于知情权。婚检的制度变迁折射出知情权与隐私权的冲突。化解两者冲突的关键在于:要超越单方利益而从整个婚姻的角度出发来思考问题。现代婚姻是建立在双方合意、彼此信任基础上的一种法律关系，同时往往负载生育功能。为了达成双方的信任、保障生育利益，隐私权就要在一定程度上对知情权做出让步。为了提高婚检率，进而实现多方利益的平衡，政府的可行之策不是一味复辟强制婚检而是加强对公民的引导和服务。
传染病防治中的人身自由保护是传染病防治工作的一个重点问题。虽然现行《宪法》是我国继五四《宪法》以后对人身自由保护最充分的宪法，但是宪法中仍未确立法律保留和正当程序原则。2000年通过的《立法法》在人身自由保障方面确立了法律保留，为宪法提供了有益补充。传染病防治措施对人身自由的影响主要表现在当传染病在特定区域、特定人群中流行或暴发时，相关权力部门为了防止传染病的进一步蔓延，会采取限制人身自由的方式对传染病患者或者疑似人员进行隔离、对患者进行强制医疗、对易感人群强制接种疫苗、对可能导致传染病蔓延危险使用其他手段不能制止其行为的个别分子依法拘留逮捕等。2003年传染性非典型肺炎防治的过程中，我国卫生部门在公安、教育等部门的配合下，对“非典”病人和疑似病人采取了广泛的隔离措施，存在隔离法律依据缺失、隔离决定主体不合法、隔离措施违反正当程序原则等多方面问题。为此，有必要落实《立法法》中的法律保留原则和《行政强制法》中的正当程序原则，必要时，应当在隔离决定的作出上引入法官保留。同时，紧急状态法的缺失也使得非典时期政府的诸多限制措施面临合宪性和合法性风险。虽然随着2004年修宪增加对紧急状态规定以及2007年《突发事件应对法》的通过，问题得到一定程度缓解，但是紧急行政依据的规范体系仍不够全面，在人身自由保护方面依然未能具体落实。为此，我们要完善传染病防治与公民基本权利保护协调平衡的规范体系，并在此基础上严格依法行政，在危机中仍能坚持最低限度的人权保障标准。
传染病防治中的公民财产权保护是传染病防治工作的又一个重点问题。对财产权的保护在宪政国家已经达成共识。我国2004修宪增加了“公民的合法的私有财产不受侵犯”的规定。同时，首次将为了公共利益的需要可以对财产权进行限制的精神写入宪法，规定了征收和征用两种限制方式，并明确了需要补偿的要求。在突发传染病应急处理过程中公民的财产权容易受到具体防治措施的影响。在应急处理中一定程度的限制财产权是正当的，但是不当的限制措施也会造成对财产权的侵害。所以，需要在突发传染病应急处理过程中对财产权的恰当保护，在立法和执法时遵循法权衡量原则，并注重事后保护措施的构建。
在传染病防治中加强对结社自由的保护是一个急需得到正视的问题。当前，各国对结社自由的限制日趋宽松，但我国宪法中的结社自由受到行政法规的严格限制，有关结社自由保护的人大立法十分难产。结社自由不充分阻碍公众参与传染病防治，在相关国际合作上，不独立的“官办社团打得不到国外承认，而难获登记的“草根社团”又得不到支持。国际上抗击传染病的资金难以为真正的非政府组织获取并合理使用。部分地方的社团登记改革给非政府组织的发展释放了一定的空间，为公众参与传染病防治提供便利，但因与上位法相冲突，面临“良性违法”的困境。针对这种情况，可以建议国务院对相关行政法规作出修改或解释，部分改革的经济特区制定经济特区法规变通规定，抑或有关主体按《立法法》要求对违宪法规提起审查要求或建议，全国人大制定《结社法》取代限制结社自由的行政法规。
总的说来，在传染病防治过程中保障公民基本权利的工作任重道远，要对易受传染病防治影响的公民基本权利做出更加切实有效的保障，可以尝试以下途径:1.构建传染病防治与权利保护相对平衡的规范体系，2.以法权平衡原则检讨依法行政，3.法院适时附带审查抽象行政行为，4.理顺援引宪法与司法审查的关系，5.适时激活现有的宪法监督体制。