论文部分内容阅读
目的：筛选新疆哈萨克族食管鳞癌DNA异常甲基化基因，为深入研究食管癌的发生机制提供理论依据。方法：采用Illumina Human Methylation450K甲基化芯片，对哈萨克族食管癌组织、癌旁正常组织各6例共12个标本进行全基因组甲基化检测，筛选DNA异常甲基化基因；筛选完成后利用Hiseq2000测序平台，对哈萨克族食管癌组织、癌旁正常组织各2例共4个标本进行全基因组检测，建立mRNA文库，并与DNA甲基化结果进行关联分析，初步得到DNA异常甲基化谱；并将其分别上传至GoMiner以及KEGG数据库进行生物信息学分析。结果：（1）与癌旁正常组织相比，高甲基化基因多数存在于癌组织中，共227个基因，（χ~2=1050，P<2.2e-16），而低甲基化基因在癌组织中要显著少于癌旁正常组织，仅6个，（χ~2=335.9， P<2.2e-16）。（2）癌组织与癌旁正常组织间存在差异位点2369个(P<0.05)，癌组织中mRNA表达量在0.0312-8192，癌旁正常组织则在0.0312-1024。（3）甲基化谱与表达谱关联分析，DNA异常甲基化基因与靶基因表达差异性呈现两种相关性。在负相关组中，相关系数为-0.7920，P=2.2e-16，含表达下调80个位点，45个基因，其中在启动子区域过甲基化有10个位点，10个基因，分别是RAPGEFL1，ALDH1L1，KIAA1522，TP53AIP1，TRIM29，LRRFIP1，PAX9，DUOXA2，CAPN1，HSPB6。表达上调11个位点，10个基因，包括FRMD4A，NID2，COL23A1，BAI1，CECR2，GNA12，RASA3，DCHS1， ATP10A，ADAMTS16。（4）利用GoMiner对负关联组中DNA异常甲基化基因进行GO分析，基因ALDH1L1参与甲酰四氢叶酸分解代谢，LRRFIP1参与负转录调控，CAPN1正调控细胞增殖，TRIM29负调节Wnt信号通路，PAX9与少牙畸形有关，HSPB6参与眼晶状体的形成过程。基因RAPGEFL1，TP53AIP1，KIAA1522，DUOXA2未参与任何生物过程。同时在KEGG数据库中进行通路分析，基因ALDH1L1调控一碳代谢通路中5,6,7,8-THF向10-THF的转化。CAPN1调控钙离子诱导细胞凋亡通路。其余的基因未发现参与任何已知通路。结论：筛选出新疆哈萨克族食管癌DNA异常甲基化20个，初步建立了新疆哈萨克族食管癌DNA异常甲基化谱。哈萨克族食管癌的发生与一碳代谢，细胞凋亡等生物学过程有关。