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本研究以抗旱品种KK1543和敏旱品种新陆早26为实验材料，探索出一套适合棉花根部蛋白质双向电泳的体系，再利用质谱技术分析鉴定干旱胁迫下蛋白质的差异表达情况，并对这些差异表达的蛋白进行功能分类，为揭示棉花抗旱的分子机制及培育抗旱品种提供理论的依据。主要结果如下: 1.水培环境下，KK1543和新陆早26苗期根长密度和侧根数生长动态差异不显著。模拟干旱胁迫处理24h后，KK1543与新陆早26的根部含水量之间差异显著;干旱胁迫处理48h后KK1543和新陆早26的根冠比之间差异显著。 2.建立了一套适用于棉花根部蛋白质双向电泳的技术体系:采用改良的三氯乙酸(TCA)/丙酮与酚相结合的方法，裂解缓冲液为7mol/L尿素(Urea)、2mol/L硫脲(thiourea)、4％CHAPS、0.5％ IPG buffer、65mmol/L二硫苏糖醇(DTT)、1mmol/L PMSF，上样量为400μg，pH4-7、18cm的IPG胶条时获得的电泳图谱分辨率较高。 3.质谱鉴定KK1543和新陆早26棉花根部干旱胁迫下差异表达蛋白:KK1543干旱胁迫下出现84个差异表达蛋白点，48个表达上调，36个表达下调;新陆早26干旱胁迫下出现83个差异表达蛋白点，47个表达上调，36个表达下调。 4.选取在两个品种中分别差异表达的56个蛋白点进行质谱分析，按功能分类:这些蛋白主要参与到光合作用、物质代谢、抗氧化、物质运输及细胞结构、能量生成、响应逆境等过程。 5.UDP-葡萄糖焦磷酸化酶、5-甲基四氢蝶酰三谷氨酸高半胱氨酸甲基转移酶和抗坏血酸过氧化物酶在干旱胁迫后KK1543中表达上调，在新陆早26中表达下调，初步认为这三种蛋白可作为标记蛋白来筛选棉花抗旱种质。 本研究对棉花响应干旱胁迫机制有了进一步的了解和认识，为克隆干旱胁迫相关的部分蛋白基因提供了理论基础和依据，对于筛选和培育棉花抗旱新品系具有积极而重要的意义。