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目的观察慢性功能性便秘患者的肠道菌群结构,以及运用多组学研究合生元治疗在慢性功能性便秘人群中的临床疗效和对肠道菌群、肠道代谢环境的改变情况。方法（1）在上海市第十人民医院微生态门诊对诊断为慢性功能性便秘的患者人群按照纳入和排除标准进行入组选择,登记便秘相关的临床数据,并留取患者的粪便。对自愿参加合生元治疗的便秘人群按照伦理要求签署知情同意书,合生元制剂包含1×1010CFU/g的益生菌,饭后30 min温水送服,3次/d,持续使用1个月,记录治疗后的排便习惯、并发症发生情况以及再次留取患者的粪便。对持续使用3个月的患者再次留取粪便进行后续分析。同时收集健康人群的粪便进行相关检测和测序,作为对照。（2）对收集到的粪便进行多组学分析,首先对所有粪便样本进行16S-r RNA菌群测序,通过对肠道菌群基因组DNA抽提,进行V4-V5区测序,在得到的16S菌群测序的基础上,筛选样本并进行宏基因组测序,通过对粪便菌群基因的全测序对所有菌群进行进一步的鉴定。对所有样本进行代谢组学检测,采用非靶向的方法对粪便中的相关代谢物质进行鉴定。结果（1）慢性便秘组纳入人群53例,其中男性31名,女性22名,平均每周排便次数2.22±0.09次,便秘病史105.60±35.95月。经过合生元治疗1个月后,有36人接受随访和留取样本,经过合生元治疗3个月后,有15人接受随访和留取样本,本实验中对照组取53名健康社区志愿者为对照。其中男性29名,女性24名,平均每周排便次数8.06±0.34次,无便秘病史。患者在接受合生元治疗后排便次数增加,且腹胀、食欲不振、焦虑情绪、泻剂依赖性发生率降低,差异有统计学意义（P<0.05）。在治疗过程中,没有出现不良反应。（2）从16S-r RNA数据分析来看,对慢性便秘人群和健康人群的肠道菌群进行分析发现与健康人群相比,Prevotella9菌属的丰度便秘人群中较低,而Escherichia-Shigella菌属在便秘人群中丰度较高,经过合生元治疗后便秘人群中Prevotella9菌属的丰度升高,而Escherichia-Shigella菌属丰度下降,从宏基因组数据分析来看,双岐杆菌属中的Bifidobacteriumdentium丰度在健康人群中富集,然而另外两种Bifidobacteriumadolescentis和Bifidobacteriumanimalis却在便秘人群中富集.乳酸杆菌属Lactobacillusoris和Lactobacillusreuteri在健康人群中富集。便秘人群经过合生元治疗后,Bifidobacteriumanimalis和Pseudomonasaeruginosa菌属丰度增高。从非靶向代谢组学分析来看,乙酸等代谢产物在健康人群中富集,便秘人群经过治疗后的丰度增加。结论慢性功能性便秘人群与正常人群相比,存在肠道菌群的特异性改变,以及相关代谢产物的改变.通过合生元对慢性功能性便秘患者进行治疗,不仅能够取得临床效果的改善,还能够对患者的肠道菌群进行优化。本研究从临床试验的角度发现微生态治疗手段对慢性功能性便秘患者具有的积极意义和应用前景。