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群落的系统发育研究在充分考虑物种亲缘关系的基础上，探讨生物历史过程、生态位过程及中性过程对群落物种共存的相对重要性，是当前生态学研究的热点之一。为揭示云南热带森林植被和植物区系在系统发育上的特点，本论文选取有代表性的云南南部和东南部热带森林群落和热带植物区系，在充分考虑物种亲缘关系的基础上，从不同层面，在时间尺度上（48年片段化）研究了热带雨林片段的群落动态、科内多样性及系统发育结构的变化;在空间小尺度上，通过样地等级聚类和非度量多维排序研究了不同生境热带雨林群落的物种组成、系统发育结构及其与非生物环境因子的关系;在空间大尺度上，比较研究了几个具体热带植物区系的系统发育多样性及系统发育结构差异，并进一步探讨了片段化、生境和生物地理因素等对云南热带森林植被和植物区系的影响。主要研究结果如下: 1.西双版纳曼养广龙山热带雨林片断的物种组成和系统发育结构的变化 48年的片断化使西双版纳曼养广龙山热带雨林发生了大规模的物种替换，但物种的系统发育多样性并没有降低，竞争排斥机制的作用在片断化后增强，使群落的系统发育结构由聚集变得发散。 2.不同生境热带雨林群落的物种组成及系统发育比较 热带雨林的物种组成在不同生境之间具有一定的差异，土壤性质对热带雨林群落的物种组成影响明显。石灰岩土及低丘环境相对贫瘠和干旱，生境过滤作用对群落物种共存发挥了更大的作用，使更多亲缘关系密切且适应的物种共存，表现为相对聚集的系统发育结构;而砖红壤及沟谷生境由于水土等条件更为优越，生境过滤作用相对小，更多亲缘关系远的物种得以共存，表现为相对发散的系统发育结构。 3.不同地区和生境代表性热带植物区系的物种组成比较 热带分布的科和属在西双版纳龙脑香林植物区系、西双版纳石灰岩山植物区系和古林箐石灰岩山植物区系均占绝对优势，各地热带植物区系均具有较高的物种多样性，但种类组成、数量结构及科内多样性差异大。专有物种在各地植物区系均占较高比例，植物区系相似性较低，揭示了地理和生境差异影响各地热带植物区系的演化与发展。 4.不同地区和生境代表性热带植物区系的系统发育比较 不同地区和生境的热带植物区系的系统发育多样性和结构有差异，西双版纳龙脑香林植物区系和石灰岩山植物区系发育于不同的土壤，物种组成有明显差异，但均具有相对聚集的系统发育结构，生境过滤起了明显作用;吉林箐植物区系则显示竞争排斥机制具有更主要的作用，表现为发散的系统发育结构，当地气候对温带属种的过滤和筛选，使古林箐植物区系的温带成分显著增加，生境过滤作用对温带属种具有更主要的作用。