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基因芯片技术可同时测定数千基因的表达，在功能基因的确认及分析网络调控方面具有重要的作用。理想的脂肪沉积是提高肉质的关键。因此如何增加肌间脂肪含量是育种学家主要的目标之一。本研究通过基因芯片技术，利用GO和PATHWAY分析方法，对延黄牛皮下脂肪、腹部脂肪以及背最长肌不同脂肪沉积部位的基因网络调控机制进行分析，确认影响脂肪沉积的候选基因及重要代谢通路，了解影响肉牛不同部位脂肪沉积的分子机制，为肉牛育种过程中肉质性状的改良提供理论基础。1、本研究对延黄牛的皮下脂肪和腹部脂肪差异表达基因进行筛选。在皮下脂肪和腹部脂肪组织中筛选出330个差异表达基因，根据GO分析中生物过程和分子功能注释分析得出：有22个基因与生长发育相关，19个基因与脂代谢相关，9个基因与能量代谢相关。通过GSEA软件对差异表达基因富集分析得出：皮下脂肪表达上调的基因主要富集在氧化磷酸化通路和鞘磷脂代谢通路中，而腹部脂肪表达上调的基因主要富集在脂肪酸代谢和过氧化物酶体增殖激活受体的代谢通路。2、筛选出脂肪组织和背最长肌由于组织特异性导致的差异基因5754个，对差异基因进行GO分析，差异基因归属于147个不同的生物过程，69个不同的细胞组分和68个不同的分子功能。KEGG分析表明差异表达基因共涉及28个重要的生物学通路。对延黄牛不同脂肪沉积部位中368个共同差异表达基因GO分析得出：332个基因在生物过程中找到注释，90个基因在细胞组成中找到注释，228个基因在分子功能中找到注释。KEGG分析表明差异表达基因共参与86个基因通路。3、对PPARγ、FASN和ACADM基因在延黄牛和延边黄牛皮下脂肪、腹部脂肪与背最长肌等组织mRNA定量结果显示：ACADM基因在两个品种牛的脂肪组织和背最长肌中表达差异不显著。FASN基因在延黄牛的皮下脂肪和腹部脂肪中表达水平均高于延边黄牛，且差异显著(P<0.05)。PPARγ基因在延黄牛皮下脂肪中表达水平高于延边黄牛，且差异显著(P<0.05)，而在肾周脂肪中表达水平低于延边黄牛(P<0.05)，在两个品种牛的腹部脂肪中表达量都较高，研究结果为筛选肉牛脂代谢主效基因打下基础。