鼻咽癌差异表达microRNAs筛选研究

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鼻咽癌是我国华南地区最常见的恶性肿瘤之一,流行病学调查和病因学研究显示,其发病与环境、遗传、EB病毒感染等因素的作用密切相关,但具体的分子机制尚不清楚。 MicroRNA(miRNA)是一类长约19nt~23nt的单链非编码RNA,广泛存在于植物及动物中,具有物种及组织特异性,进化上高度保守。miRNA可与其靶mRNA的3’非翻译区(3’untranslated regions,3’-UTRs)特异性结合,引起靶mRNA的翻译抑制或降解,在细胞的生长、分化及死亡过程中发挥癌基因或抑癌基因的作用。本研究拟应用miRNAs芯片筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs,并寻找差异表达miRNAs调控的靶基因,为进一步研究其在鼻咽癌发病机制中的作用打下基础。 材料和方法 取原代培养的鼻咽癌细胞和正常鼻咽上皮细胞,Trizol法抽提总RNA并分离出miRNA;将Cy3荧光标记的miRNA进行miRNA芯片杂交反应:采集芯片原始信号值并将图像信号转化为数字信号,导入Cluster 3.0进行聚类分析和SAM筛选差异表达miRNAs;应用定量RT-PCR方法验证miRNA芯片结果的可靠性。运用靶基因预测软件并结合全基因组表达谱芯片结果预测差异表达miRNAs可能调控的靶基因,并对靶基因进行Western blot验证。结果miRNAs芯片结果显示,鼻咽细胞中有存在一些高表达的miRNA,这些miRNA包括let-7家族,miR-21,miR-23,miR-24,miR-29a等;相对于正常鼻咽粘膜上皮细胞,鼻咽癌中miR-203、miR-503、miR-424、miR-141和miR-148a表达下调,而miR-25、miR-195和miR-15a表达上调,其差异表达均在2倍以上;荧光定量PCR结果与miRNAs芯片的结果较符合;在鼻咽癌下调表达的miR-203,其预测的靶基因为CCNG1和SPARC,Western blot结果显示,其在原代培养的鼻咽癌细胞亦高表达。 结论 鼻咽癌细胞中存在差异表达miRNAs,这些miRNA包括miR-203、miR-503、miR-424、miR-141、miR-148a、miR-25、miR-195和miR-15a等,提示这些miRNA可能与鼻咽癌的发生、发展有关,可作为鼻咽癌的候选标记物;应用靶点预测软件预测鼻咽癌细胞差异表达miRNA靶基因,发现它们靶点非常广泛,涉及到癌基因,细胞周期调控,细胞分化,转录调控,信号转导通路基因等;CCNG1和SPARC可能是miR-203调控的靶基因之一。
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