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在人类社会从工业经济时代向知识经济时代跨越的过程中，国家经济增长方式也从要素驱动型向科技创新型转变，各国政府都非常重视科学技术的发展以及对科技的投入，我国也提出建设创新性国家的战略，不断重视对财政科技资金的投入。然而在构建和谐社会的大环境下，国家审计署全力提倡绩效审计，公平性审计应运而生。公平作为一个社会问题已经引起了社会民众的格外关注。关于财政科技资金的公平性问题严重影响着我国科技事业的发展，我们必须有效评价财政科技资金的投入并加强审计监管，促进我国科技事业的健康长远发展。本文通过借鉴国内外财政科技资金绩效评价的研究成果和实践经验，探讨绩效评价的方法和技术，提出一套适合我国国情的财政科技资金绩效评价体系，并对全国第二次科技工作者状况调查的统计结果进行了描述性统计分析以探寻我国财政科技资金投入的公平性状况，为财政科技资金绩效评价的绩效评价带来一定的启示。基于本文构建的财政科技资金绩效评价指标体系，对2010年全国31个省、自治区、直辖市相关数据进行实证分析。而后，本文基于公平性的视角将财政科技资金的审计监管分为事前、事中以及事后监管。事前监管即财政科技资金预算的监管，事中监管即为财政科技资金使用过程中的监管，事后监管即财政科技资金投入效果的监管。在对三个部分进行审计监管的同时建立相应的保障机制，以充分发挥审计对财政科技资金的“公平性”监管职能。