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随着经济的发展，产学研合作成为提升自主创新能力的重要途径。本文在综述国内外产学研合作研究动态的基础上，构建了一个科研院所产学研合作的研究框架，重点对科研院所产学研合作的运行机制、效果评价进行探讨，并提出了相关的对策建议。本文的研究成果对于指导企业与科研院所的科技创新能力提升，实现共赢具有重要意义。具体来讲，本文主要开展了以下几方面的工作: 科研院所产学研合作是在一定的环境中发生的，分析影响产学研合作的内外部因素是更好地构建产学研合作运行机制的前提。本文采用PEST法对影响科研院所产学研合作的外部因素进行了分析，从合作意愿与科技意识、科技管理制度和运行机制、科研院所的科技成果三个方面分析了影响科研院所产学研合作的内部因素。通过环境分析，本文认为科研院所进行产学研合作具有较好的内外部条件。 从动力机制、信任机制、协调机制、激励机制、利益分配机制五个方面探讨了产学研合作的运行机制。具体来讲，动力机制是指是什么原因促使产学研合作的产生;信任机制是指企业与科研院所不仅要以合同为基础来约束彼此的行为，而且还需要在相互信任的基础上，进行信息共享和活动协调，从而实现共同的目标;协调机制，是指协调产学研之间的创新动机和创新设想，并调和三者的差异，促使三者做出一致决策的功能，它是凭借着一些特定媒介和渠道来运作的;激励机制是指通过有效的制度安排，激发行为主体的创新潜能，减小经济活动中的不确定性，促进技术资源的合理配置，加速科技成果的转化，从而实现企业和科研院所的共赢;利益分配机制是产学研之间利益关系的反映，解决的是如何在产学研各方主体之间的利益分配问题。 建立科研院所产学研合作效果的评价指标体系，主要包括市场成效、管理成效、技术成效、利益成效、道德成效五个方面的一级指标。鉴于上述指标体系具有模糊性，同时考虑到影响产学研合作效果的很多因素本身就具有模糊性而不能简单地用一个具体分数来评价。基于此，本文采用多级模糊综合评价的方法对产学研的合作效果做定量的评价，并通过应用算例佐证了方法的可行性。 在前述研究的基础上，开展了相关对策建议的研究。具体来讲，主要包括以下三个方面:第一，实现产学研各方组织的机制创新，主要从两方面着手，一是加快企业经营机制的转变，确立企业在技术创新中的自主地位，真正使其成为产学研合作的主体;二是进一步改革科技体制，加强科研院所的产学研合作意识。第二，加强政府在产学研合作中的作用，主要从两方面着手，一是明确政府在产学研合作中的利益整合、政策引导、宏观指导、服务保障的职能，二是营造有利于产学研合作的社会氛围，并为产学研合作提供资金保障。第三，遵循信任、共赢、信息沟通原则，建立多元化的投融资体系，寻求多元化的投资主体，拓宽资金来源渠道，引导大型企业集团内建立技术开发保障基金。