论文部分内容阅读
细菌是一类与我们生活息息相关的微生物，细菌出现在大约38亿年前，它们极其微小、形态简单，在环境中分布广泛，包括一些极端环境。细菌在生化循环(碳、氮以及其他矿物质)、能源转化、生物催化等方面扮演着重要角色，这使得细菌在新的工业和生物医学领域成为重要的特殊资源，然而目前我们已知的细菌种类还很有限，大概有6370多种而已。
细菌传统分类的困难在于可以依据的形态特征十分有限。这些表型特征在一定程度上反映了细菌的进化过程和现存菌种的亲缘关系。细菌分类鉴定方法由表型鉴定和分子鉴定构成，主要包括细菌形态鉴定、生理生化鉴定、蛋白质水平鉴定和核酸水平鉴定。核酸序列分析方法包括:DNA碱基序列组成(G+Cmol%)、DNA-DNA杂交、DNA-rRNA杂交、核酸探针、rDNA指纹图谱、16S rDNA全序列测定等方法。
本研究主要是将已经发表的细菌16S rDNA序列信息按照不同种属、不同菌种进行有目标性的重新收集，通过利用生物信息学软件对数据库中庞大的细菌16S rDNA序列进行筛选，初步得到目标序列。然后将目标序列再次进行种属内的种间和种内比较，核实收集过程是否有错误。通过上述过程证明收集的序列符合收集要求、信息相对可靠。进一步将收集、整理、分析好的细菌16S rDNA序列形成数据库，以供使用。通过对数据库中有关16S rDNA序列信息的限制性酶切位点分析，建立酶切体系，该体系根据不同种菌株16S rDNA基因酶切位点有无、多少、形成片段大小的不同，鉴定不同属细菌的种，区别于以往的16S rDNA基因序列测定鉴定方式，并以栖热菌属和肠杆菌属为例，通过模拟试验对系统进行了验证。