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改革开放以来，我国区域经济取得了长足进步的同时，也暴露了一些矛盾和问题:空间开发失序、资源和要素空间配置效率低下、地区贫富差距扩大、生态环境由于过度开发而恶化、区域间不协调性增强等等，严重制约了可持续发展的实施。我国为了解决这一系列的矛盾和问题，提出了主体功能区战略，根据资源环境承载能力、现有开发密度和发展潜力，将国土空间划分为优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发四类主体功能区，其中限制开发区肩负着粮食安全和生态安全的重任，这些地区是限制发展，而不是不发展，因此，选择怎样的主导产业，选择怎么样的发展模式来实现其重要的主体功能显得尤为重要。 本文在深入学习和研究区域经济学、区域地理学相关学科基本理论的基础上，应用了熵值法、SWOT等方法，根据限制开发区承担功能的不同将限制开发区域分为生态型限制开发区域和农业型限制开发区域，并界定了两种类型所涉及的范围以及功能定位，结合一般区域主导产业选择的基础理论，总结出限制开发区域主导产业选择的约束条件（生态及农业安全，资源状况，市场需求状况，现有产业状况，区域科学技术发展状况，政府的政策空间）;分析了两类限制开发区域的主导产业选择方向，生态型限制开发区域应在保护和发挥生态功能的前提下，选择矿产资源开采、旅游、以及特色生态型产业，而农业型限制开发区域则应在保障农业功能的前提下，适当选择农林产品加工业，农畜产品加工业等，本着客观性、全面性及可行性原则，确定了主导产业选择的模型及指标体系;最后，运用上述理论对生态型限制开发区域吉林省抚松县进行了主导产业选择，确定了主导产业为人参产业和旅游产业，并对主导产业的进一步发展提出了切实可行的对策。