线虫全基因组内源siRNA及其靶点基因预测与功能分析

来源 :泰山医学院 | 被引量 : 1次 | 上传用户:wzlzcy_yt190057
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RNA干扰现象是近年新发现的一种自然存在的生物学现象,它由互补双链RNA介导使靶标mRNA降解或抑制翻译,表型上导致靶mRNA转录后沉默,是生物界古老而且进化高度保守的现象之一。在基因功能研究和基因药物等方面具有广泛的应用前景,是近年来生物学研究的热点问题之一。   本文根据RNA干扰的基本原理,运用生物信息学的原理和方法,通过计算机编程寻找模式生物线虫mRNA内含子中大量的siRNA,并找到了siRNA相应的靶标基因。统计了这些序列在线虫基因组中的分布情况,推测存在一个由内源性siRNA参与的基因调控途径。并在此基础上,我们构建了本地Gene Ontology(GO)分析系统,进一步对所有产生内源siRNA基因及其靶标基因进行了Gene Ontology(GO)富集度功能分析,发现内源siRNA基因最显著的生物过程功能为胚胎发育(G0:0009792embryonic development),细胞组成最显著是整合在细胞膜内(G0:0016021integral to membrane),分子功能则为酰基转移酶活性(G0:0008415 acyltransferaseactivity);其靶标基因最显著的生物过程功能为染色质修饰(G0:0016568chromatin modification),(细胞组成最显著也是整合在细胞膜内(G0:0016021integral to membrane)),分子功能为组蛋白赖氨酸N’甲基转移酶活性(G0:0018024histone-lysine N-methyltransferase activity)。由此可以看出,在生物进化过程中,siRNA这种老的网络调控仍被保留,还在胚胎发育中发挥重要作用。
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