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海洋细菌在海洋生态系统中有机物的生成和分解、海洋环境的修复以及有机营养物质和能量循环的过程中占有重要的地位。本研究分别于2006年8月(夏季)、2007年4月(春季)、2007年10月(秋季)在山东近岸海域采集水体样品。对胶州湾附近的SD1站位和烟台近海海域的SD2站位水体细菌采用ARDRA方法分析细菌群落多样性和季节变化,为海洋微生物资源调查和海洋资源的开发和利用提供有益数据。在夏、春、秋三个季节,SD1站位分别得到45、30和51个不同的酶切图谱,16S rDNA文库覆盖率分别为77.5%、85.0%和74.5%；SD2站位分别得到42、47和41个不同的酶切图谱,16S rDNA文库覆盖率分别为79.0%、76.5%和79.5%。两个站位的文库覆盖率均大于70%,说明所构建的文库可以反映海洋环境中的细菌多样性。两个站位样品16S rDNA序列与数据库中序列比对的结果表明：SD1站位海水样品鉴定的细菌主要属于四个门类：变形杆菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes)。其中α-Proteobacteria为该站位第一优势菌,其次为蓝细菌门(Cyanobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。SD2站位海水样品鉴定的细菌主要属于八个门类,包括：变形杆菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、酸杆菌门(Acidobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和浮霉菌门(Planctomycetes)。其中α-变形杆菌纲(α-Proteobacteria)为该站位第一优势菌,其次为γ-变形杆菌纲和ε-变形杆菌纲。因此,SD2站位细菌多样性高于SD1站位。对两个站位三个季节细菌多样性及所占比例进行分析,结果表明：SD1站位和SD2站位优势菌种的种群组成和种群数量随季节均略有变化。本研究两个站位中均发现未鉴定的细菌,说明山东近岸海域可能存在很多未知的海洋新种,有待于进一步探讨研究。